1、单项选择题  隐马尔科夫模型的代号是（）。

A.HMM
B.CDD
C.HTGS
D.GSS

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

2、名词解释  无根树

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本题答案：只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部
本题解析：试题答案只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部参考物种，可以在无根树中指派根节点。

3、名词解释  分子途径

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本题答案：是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。
本题解析：试题答案是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。

4、名词解释  标度树

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本题答案：分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。
本题解析：试题答案分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。

5、填空题  常用系统发育分析软件：（）

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本题答案：PHYLIP
本题解析：试题答案PHYLIP

6、问答题  序列的相似性与同源性有什么区别与联系？

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本题答案：相似性是指序列之间相关的一种量度，两序列的的相似性可以
本题解析：试题答案相似性是指序列之间相关的一种量度，两序列的的相似性可以基于序列的一致性的百分比；而同源性是指序列所代表的物种具有共同的祖先，强调进化上的亲缘关系。

7、单项选择题  GenBank中分类码PLN表示是（）。

A.哺乳类序列
B.细菌序列
C.噬菌体序列
D.植物、真菌和藻类序列

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

8、名词解释  EMBL

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本题答案：EMBL实验室—欧洲分子生物学实验室，EM
本题解析：试题答案EMBL实验室—欧洲分子生物学实验室，EMBL数据库—是非盈利性学术组织EMBL建立的综合性数据库，EMBL核酸数据库是欧洲最重要的核酸序列数据库，它定期地与美国的GenBank、日本的DDBJ数据库中的数据进行交换，并同步更新。

9、名词解释  系统发育分析

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本题答案：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可
本题解析：试题答案通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。

10、问答题  生物信息学分析的数据对象主要有哪几种？这些数据之间存在着什么关系？

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本题答案：其研究重点主要落实在核酸和蛋白质两个方面，包括它们的序
本题解析：试题答案其研究重点主要落实在核酸和蛋白质两个方面，包括它们的序列、结构和功能。生物信息学以基因组DNA序列信息分析作为出发点，破译遗传语言，认识遗传信息的组织规律，辨别隐藏在DNA序列中的基因，掌握基因调控信息，对蛋白质空间结构进行模拟和预测，依据蛋白质结构和功能的关系进行药物分子设计。

11、问答题  GEO数据库主要收集的是什么样的数据？

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本题答案：基因表达精选集（GEO）数据库存储的是一些准确的基因表
本题解析：试题答案基因表达精选集（GEO）数据库存储的是一些准确的基因表达图谱数据和大规模的分子实验数据

12、问答题  序列分析的任务和目的分别是什么？

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本题答案：任务
（1）发现序列之间的相似性；

本题解析：试题答案任务
（1）发现序列之间的相似性；
（2）辨别序列之间的差异。
目的：
（1）相似序列：相似的结构，相似的功能
（2）判别序列之间的同源性
（3）推测序列之间的进化关系

13、名词解释  距离法

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本题答案：首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推
本题解析：试题答案首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。其次基于这个矩阵中的进化距离关系构建进化树。

14、单项选择题  利用中国知网文献数据库（中国知网）查找论文题目是“日光温室光温因子对黄瓜叶绿体超微结构及其功能的影响”发表的期刊是（）。

A.园艺学报
B.应用生态学报
C.生态学报
D.遗传学报

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

15、问答题  蛋白质二级结构有哪些？

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本题答案：（1）螺旋
（2）b折叠–平行折
本题解析：试题答案（1）螺旋
（2）b折叠–平行折叠反平行折叠
（3）b转角–连接作用”U”型结构（大多Phe，Gly组成）
（4）无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象，但仍是紧密有序的稳定结构
（5）无序结构多肽链中有60％的区段为a螺旋和b折叠

16、名词解释&nb sp; BioPerl

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本题答案：是Perl语言专门用于生物信息学、基因组学及其他生命科
本题解析：试题答案是Perl语言专门用于生物信息学、基因组学及其他生命科学领域的工具与函数模块集。

17、名词解释  分子进化树（molecular evolutionary tree）

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本题答案：在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形
本题解析：试题答案在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图形成为系统发育树（phylogenetictree）。

18、名词解释  鸟枪法测序（shotgun method）

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本题答案：一种测序方法，包括从基因组中获得随机的、已测序的克隆片
本题解析：试题答案一种测序方法，包括从基因组中获得随机的、已测序的克隆片段，并且对初始基因的位置一无所知。

19、问答题  如何选择合适的评分矩阵？

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本题答案：一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM
本题解析：试题答案一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好
当比较距离相近的蛋白时，应选择低的PAM或高的BLOSUM矩阵；当比较距离较远的蛋白时，应选择高的PAM或低的BLOSUM矩阵
对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵
PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域

20、单项选择题  motif的含义是（）。

A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

21、名词解释  同源性

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本题答案：两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论；
本题解析：试题答案两个基因或蛋白质序列具有共同祖先的结论；

22、名词解释  旁系（并系）同源

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本题答案：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因
本题解析：试题答案指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这些基因在功能上可能发生了改变。（书：由于基因重复事件产生的相似序列。）

23、名词解释  PIR

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本题答案：是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，
本题解析：试题答案是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组蛋白质研究

24、名词解释  旁系同源（paralogous）

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本题答案：是通过类似基因复制的机制产生的同源序列。
本题解析：试题答案是通过类似基因复制的机制产生的同源序列。

25、名词解释  BLASTp

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本题答案：是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列
本题解析：试题答案是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

26、问答题  假设你得到一段未知蛋白氨基酸序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未知蛋白质的功能和家族类别以及其结构预测.

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本题答案：1、用该序列进行BLASTP搜索。
2、再对
本题解析：试题答案1、用该序列进行BLASTP搜索。
2、再对其进行蛋白质结构域、功能域的搜索，可以用Znterproscan、Pfam，并对其进行结构分析。
3、再用ClustW进行多序列比对。
4、用人工神经网络的方法对其结构进行结构预测

27、问答题  如何检测DNA序列中潜在的CDS？

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本题答案：对任意一个DNA序列，可能并 不知道哪一个碱基代表CDS
本题解析：试题答案对任意一个DNA序列，可能并不知道哪一个碱基代表CDS的起始。这种情况下，不妨试用六框翻译（six-frame translation）。如图4-2给定一个DNA序列，可以利用遗传密码将其翻译为蛋白质序列，这种方式称为概念性翻译（conceptual translation）。与基于生化实验的蛋白质翻译不同的是，概念性翻译仅通过理论推导或计算获得。
六框翻译通过移动阅读框起始碱基，获得6个潜在的蛋白质序列。其中，3个是正向翻译，3个是反向翻译，6种可能的蛋白质中至多只有一种是正确的。

28、名词解释  单基因回路

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本题答案：蛋白质与DNA启动子和增强子的相互作用。
本题解析：试题答案蛋白质与DNA启动子和增强子的相互作用。

29、名词解释  promoter

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本题答案：启动子，是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必需的一段DNA
本题解析：试题答案启动子，是RNA聚合酶识别、结合并开始转录所必需的一段DNA序列。

30、单项选择题  GenBank数据库的基本信息单位是（）。

A.FASTA
B.GBFF
C.GCG
D.ASN.1

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

31、问答题  NCBI维护的核苷酸数据库由哪几部分组成的，其主要的内容是什么？

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本题答案：由三部分组成：表达序列标签序列、基因组测序序列、核心核
本题解析：试题答案由三部分组成：表达序列标签序列、基因组测序序列、核心核苷酸序列。

32、名词解释  PubMed

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本题答案：是一个免费的生物医学文摘数据库，提供部分论文的摘要及指
本题解析：试题答案是一个免费的生物医学文摘数据库，提供部分论文的摘要及指向全文的链接。作为Entrez资讯检索系统的一部分。

33、名词解释  算法（algorithm）

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本题答案：在计算机程序中包含的一种固定过程。
本题解析：试题答案在计算机程序中包含的一种固定过程。

34、名词解释  BioEdit

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本题答案：BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件。功能包括
本题解析：试题答案BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制等等。

35、问答题  什么简约信息位点Pi？

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本题答案：指基于DNA或蛋白质序列，应用最大简约法构建系统发育树
本题解析：试题答案指基于DNA或蛋白质序列，应用最大简约法构建系统发育树时，如果某个位点的状态存在两种或两种以上，每种状态出现两次或两次以上，这样的位点称简约信息位点。

36、名词解释  近邻

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本题答案：任意一颗无根树中仅被一个内部节点分隔的一对物种。
本题解析：试题答案任意一颗无根树中仅被一个内部节点分隔的一对物种。

37、问答题  简述DNA计算实现方式中，表面方式与试管方式相比具有哪些优点？

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本题答案：试管方式：就是在一个或多个试管的溶液里进行生化反应；<
本题解析：试题答案试管方式：就是在一个或多个试管的溶液里进行生化反应；
表面方式：是将对应的解空间的DNA分子固定在一块固体上，其次进行各种生化反应，或是在表面逐步形成解空间，然后根据具体问题对所有可能的解进行筛选，最后得到运算结果。
（1）操作简单，易于实现自动化操作；
（2）减少人为操作过程中造成的DNA分子的丢失及其它操作失误；
（3）减少分子在表面上的相互作用，同时增强分子间的特异性结合；
（4）信息储存密度大，据估计，10毫克DNA表面上的储存密度是传统计算姬的10的8次方倍，而在溶液中仅为10的5次方倍；
（5）结果易于纯化。

38、名词解释  FASTA序列格式

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本题答案：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨
本题解析：试题答案是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。

39、名词解释  PROSITE

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本题答案：是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、
本题解析：试题答案是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征，能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。

40、名词解释  相似性

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本题答案：是可以量化的参数，是一种直接的数量关系，是量的判断，可
本题解析：试题答案是可以量化的参数，是一种直接的数量关系，是量的判断，可多可少，如百分之几。

41、问答题  HGP选择作为研究人类的四大“模式生物“有哪些？

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本题答案：酵母、线虫、果蝇、小鼠。
本题解析：试题答案酵母、线虫、果蝇、小鼠。

42、问答题  如何进行BLAST结果显著性判断？

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本题答案：结果显著性判断：查看E值列表；查看比对情况。
本题解析：试题答案结果显著性判断：查看E值列表；查看比对情况。
（1.E值是不是显著；
2.两个蛋白质是不是具有近似的大小；
3.两个蛋白质是否有共同的模体或信号序列；
4.两个蛋白质是不是一个合理的多序列比对的一部分；
5.两个蛋白质是否有一个相似的生物学功能；
6.两个蛋白质是否具有相似的3维结构。
7.如果一个BLAST搜索得到一个对另一个蛋白质的边缘匹配，以这个具有较远亲缘关系的蛋白质作为查询项再进行一次新的BLAST搜索。）

43、名词解释  Ab initio prediction

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本题答案：蛋白质三级结构预测方法—从头预测法，在既没有已知结构的同源蛋
本题解析：试题答案蛋白质三级结构预测方法—从头预测法，在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，只能采用从头预测方法，即（直接）仅仅根据序列本身来预测其结构。

44、名词解释  先导化合物

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本题答案：是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能
本题解析：试题答案是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能导致药物发现的特殊化合物。就是利用计算机在含有大量化合物三维结构的数据库中，搜索能与生物大分子靶点匹配的化合物，或者搜索能与结合药效团相符的化合物，又称原型物，简称先导物，是通过各种途径或方法得到的具有生物活性的化学结构

45、单项选择题  被誉为“生物信息学之父”的科学家是（）。

A.Dulbecco
B.Sanger
C.吴瑞
D.林华安

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

46、单项选择题  单核苷酸标记是（）。

A.RFLP
B.SNP
C.SSR
D.RAPD

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

47、名词解释  支架

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本题答案：由序列重叠群拼接而成。
本题解析：试题答案由序列重叠群拼接而成。

48、问答题  在基因组序列分析方面，科学家关注哪些信息？

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本题答案：就人类基因组而言，编码区域在人类基因组所占的比例不超过
本题解析：试题答案就人类基因组而言，编码区域在人类基因组所占的比例不超过3%。其余97%是非编码序列。对于非编码序列，人们了解得比较少，尚不清楚其含义或功能。然而，非编码区域对于生命活动具有重要的意义。这部分序列主要包括内含子、简单重复序列、移动元件（mobileelement）及其遗留物、伪基因（pseudogene）等。

49、名词解释  分子钟（molecular clock）

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本题答案：对于每一个给定基因（或蛋白质）其分子进化率大致是恒定的
本题解析：试题答案对于每一个给定基因（或蛋白质）其分子进化率大致是恒定的。

50、填空题  2-DE的基本原理是根据蛋白质（）和（）不同，进行两次电泳将之分离。第一向是（），第二向是（）。

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本题答案：等电点；分子量；等电聚焦分离；SDS-PAGE分离
本题解析：试题答案等电点；分子量；等电聚焦分离；SDS-PAGE分离

51、问答题  你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？

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本题答案：（1）主要用于：
在基因组分析方面：生物序列相似
本题解析：试题答案（1）主要用于：
在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分子进化、蛋白质结构预测等
在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。
（2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。

52、问答题  BLAST应用有哪些？

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本题答案：BLAST应用：
1.是序列分析的基础； 本题解析：试题答案BLAST应用：
1.是序列分析的基础；
2.评价实验结果；
3.为实验提供新思路，并指导进一步实验设计；
4.是寻找和鉴定新基因的重要手段；
5.是蛋白质结构预测和分子设计的基础；
6.是研究生物进化和种属分类的基本方法。

53、单项选择题  EMBL的含义是（）。

A.美国国家生物信息中心
B.欧洲分子生物学实验室
C.日本DNA数据库
D.中国国家基因组研究中心

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

54、单项选择题  ortholog的含义是（）。

A.直系同源
B.旁系同源
C.直接进化
D.间接进化

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

55、问答题  简述人类基因组计划与生物信息学之间的相互促进关系。

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本题答案：人类基因组计划（Human Genome Projec
本题解析：试题答案人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）是美国在1990年提出实施的一项伟大的科学计划，与阿波罗登月计划、曼哈顿原子弹计划同称为人类自然科学史上的三大计划。自实施以来，该计划在世界各国引起了很大反响。在人类基因组计划中，人们准备用15年时间，投入30亿美元，完成人类全部24条染色体中3×109个碱基对（bp，basepair）的序列测定，其主要任务包括作图（遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制）、测序和基因识别，还包括模式生物（如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等）基因组的作图和测序，以及信息系统的建立。
随着人类基因组计划的提出和实施，实验数据和可利用信息急剧增加，人类基因组计划提供了以往不可想象的巨量的生物学信息资源。基因组信息的收集、储存、分发、分析显得越来越紧迫和重要，信息的管理和分析成为人类基因组计划实施过程中的一项重要工作，人类基因组计划向信息学提出了巨大的挑战。值得庆幸的是，人类基因组计划一开始就与计算机技术、信息高速公路同步发展，信息技术为生物信息学的发展提供了非常好的条件，为生物信息学的研究和应用提供了非常好的支撑。生物信息学与人类基因组计划紧密结合，互相渗透，生物信息学成为基因组计划不可分割的一部分。事实证明，人类基因组计划在生物信息学的支持下，前进步伐大大加快，已经提前完成计划，功能基因组研究也已经全面展开。而人类基因组计划反过来又大大促进了生物信息学的发展，HGP丰富了生物信息学的研究内容，促进生物信息学新思想、新方法的产生，生物信息学在最近10年迅速发展的历程证明了这一点。

56、名词解释  折叠子（Fold）

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本题答案：在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大
本题解析：试题答案在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大区域具有特定的空间取向。

57、单项选择题  利用PubMed文献数据查找论文“A whole-cell computational model predicts phenotype from genotype”发表在Cell期刊的（）。

A.第50卷第1期第389-391页
B.第50卷第1期第389-401页
C.第150卷第2期第389-401页
D.第125卷第2期第389-391页

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

58、问答题  人类基因组计划与生物信息学有什么关系？

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本题答案：人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数
本题解析：试题答案人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为基因组计划的一项重要的工作。而这些数据信息的管理、分析、解释和使用促使了生物信息学的产生和迅速发展。

59、单项选择题  生物信息学主要是利用哪种工具实现对生命科学研究中生物信息的存储、检索和分析的？（）

A.计算机
B.iPhone
C.人造卫星
D.手机

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

60、名词解释  除权配对算法（UPGMA）

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本题答案：最初，每个序列归为一类，然后找到距离最近的两类将其归为
本题解析：试题答案最初，每个序列归为一类，然后找到距离最近的两类将其归为一类，定义为一个节点，重复这个过程，直到所有的聚类被加入，最终产生树根。

61、名词解释  最大简约法（MP）

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本题答案：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或
本题解析：试题答案在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。

62、问答题  生物信息学研究有什么意义？

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本题答案：（1）认识生物本质，了解生物分子信息的组织和结构，破译
本题解析：试题答案（1）认识生物本质，了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系
（2）改变生物学的研究方式
（3）改变传统研究方式，引进现代信息学方法
（4）在医学上的重要意义
为疾病的诊断和治疗提供依据
为设计新药提供依据

63、名词解释  生物信息学

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本题答案：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以
本题解析：试题答案研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型；利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。

64、名词解释  质谱（MS）

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本题答案：是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的
本题解析：试题答案是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的方法，从而使分子质量的准确确定成为可能。
质谱分析的两个工具

65、填空题  表达序列标签是从（）中生成的一些很短的序列（300-500bp），它们代表在特定组织或发育阶段表达的基因。

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本题答案：mRNA
本题解析：试题答案mRNA

66、名词解释  PDB（Protein Data Bank）

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本题答案：PDB中收录了大量通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振N
本题解析：试题答案PDB中收录了大量通过实验（X射线晶体衍射，核磁共振NMR）测定的生物大分子的三维结构，记录有原子坐标、配基的化学结构和晶体结构的描述等。PDB数据库的访问号由一个数字和三个字母组成（如，4HHB），同时支持关键词搜索，还可以FASTA程序进行搜索。

67、填空题  用于蛋白质二级结构预测的基本神经网络模型为三层的前馈网络，包括（）

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本题答案：输入层，隐含层和输出层
本题解析：试题答案输入层，隐含层和输出层

68、名词解释  替换（substitution）

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本题答案：在指定的位置不相同的氨基酸进行连配，如果联配的残基有相
本题解析：试题答案在指定的位置不相同的氨基酸进行连配，如果联配的残基有相似的物化性质，那么替换是保守的。

69、单项选择题  HTGS的含义是（）。

A.表达序列标签
B.序列标签位点
C.高通量基因组序列
D.人工合成序列

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

70、名词解释  权重矩阵

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本题答案：基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。
本题解析：试题答案基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。

71、名词解释  一致序列

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本题答案：这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺
本题解析：试题答案这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺点是除了在特定位置最常见的残基之外，它们不能表示任何概率信息。

72、单项选择题  basepair的含义是（）。

A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

73、名词解释  表谱（PSSM）

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本题答案：指一张基于多序列比对的打分表，表示一个蛋白质家族，可以
本题解析：试题答案指一张基于多序列比对的打分表，表示一个蛋白质家族，可以用来搜索序列数据库。

74、问答题  简述DNA计算机的基本原理

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本题答案：1）以编码生命信息的遗传物质—DNA序列，
本题解析：试题答案1）以编码生命信息的遗传物质—DNA序列，作为信息编码的载体，利用DNA分子的双螺旋结构和碱基互补配对的性质，将所要处理的问题映射为特定的DNA分子；
2）在生物酶的作用下，通过可控的生化反应生成问题的解空间；最后利用各种现代分子生物技术如聚合酶链反应RCR、超声波降解、亲和层析、分子纯化、电泳、磁珠分离等手段破获运算结果。
DNA计算机优点：低能耗、存储容量高、运算速度快，可真正实现并行工作。

75、问答题  生物信息学数据库的组成包括哪些部分？数据库有哪些类型？

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本题答案：生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据
本题解析：试题答案生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据库的类型包括核算和蛋白质一级结构序列数据库、基因组数据库、生物大分子三维空间结构数据库、以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。

76、问答题  简述PAM矩阵与BLUSUM矩阵的关系

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本题答案：（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）P
本题解析：试题答案（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）PAM矩阵是基于近相关蛋白家族数据的，并且假设高度相关蛋白的取代概率可以外推到远相关蛋白的概率。BLOSUM矩阵是基于实际观测到的远相关蛋白比对。
（3）高值BLOSUM矩阵和低值PAM矩阵最适合于研究高度保守的蛋白；低值BLOSUM矩阵和高值PAM矩阵最适合检测远相关蛋白。
（4）一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好。对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵。PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域。

77、问答题  基因芯片对于生物分子信息检测的作用和意义？

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本题答案：在生命科学领域中，基因芯片为分子生物学、生物医学等研究
本题解析：试题答案在生命科学领域中，基因芯片为分子生物学、生物医学等研究提供了强有力的手段。利用基因芯片技术，可研究生命体系中不同部位、不同生长发育阶段的基因表达，比较不同个体或物种之间的基因表达，比较正常和疾病状态下基因及其表达的差异。基因芯片技术也有助于研究不同层次的多基因协同作用的生命过程，发现新的基因功能，研究生物体在进化、发育、遗传过程中的规律。

78、名词解释  互补序列（complementary sequence）

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本题答案：能够与其他DNA片段根据碱基互补序列（A与T配对，G与
本题解析：试题答案能够与其他DNA片段根据碱基互补序列（A与T配对，G与C配对）形成两练结构的核苷酸序列。

79、单项选择题  Proteomics的含义是（）。

A.生物信息学
B.基因组学
C.蛋白质组学
D.表观遗传学

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

80、问答题  什么叫contig？

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本题答案：Contig：重叠群，基因组测序中将许多序列片段经过比
本题解析：试题答案Contig：重叠群，基因组测序中将许多序列片段经过比对找到重叠区，从而连接成的长片段。

81、名词解释  可接受点突变（PAM）

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本题答案：一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位。
本题解析：试题答案一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位。

82、名词解释  Clustsl X

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本题答案：是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本，
本题解析：试题答案是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本，是用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的程序，也可以对来自不同物种的功能或结构相似的序列进行比对和聚类，通过重建系统发生树判断亲缘关系，并对序列在生物进化过程中的保守性进行估计。

83、名词解释  进化树的二歧分叉结构

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本题答案：指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两
本题解析：试题答案指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。

84、名词解释  系统发育图

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本题答案：用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概
本题解析：试题答案用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。

85、问答题  简述人工神经网络预测蛋白质二级结构的基本步骤。

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本题答案：1）输入数据（来自PDB）
2）产生一个神经
本题解析：试题答案1）输入数据（来自PDB）
2）产生一个神经网络（一个计算程序）
3）用已知的蛋白质二级结构来训练这个模型
4）由训练好的模型来给出未知蛋白的一个可能的结构
5）最后从生物角度来检验预测的一系列氨基酸是否合理

86、问答题  简述KEGG的PATHWAYS数据库中包括的哪6种数据库？

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本题答案：GENES/SSDB/KOdatabases/COMP
本题解析：试题答案GENES/SSDB/KOdatabases/COMPOUND/GLYCAN/REACTION

87、单项选择题  domain的含义是（）。

A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域

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本题答案：D
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88、名词解释  分子钟

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本题答案：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通
本题解析：试题答案认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。

89、名词解释  CpG island

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本题答案：是DNA上的一个区域，富含GC，两者以磷酸酯键相连，长
本题解析：试题答案是DNA上的一个区域，富含GC，两者以磷酸酯键相连，长度约几百到几千bp不等，常出现在管家基因或频繁表达的基因的启动子附近，在这些部位，CpG岛具有阻止序列甲基化的作用。

90、单项选择题  mRNA5′端有（）结构。

A.帽子
B.尾巴
C.帽子和尾巴
D.多聚核苷酸

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本题答案：A
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91、名词解释  最大似然法（ML）

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本题答案：它对每个可能的进化位点分配一个概率，然后综合所有位点，找到概
本题解析：试题答案它对每个可能的进化位点分配一个概率，然后综合所有位点，找到概率最大的进化树。最大似然法允许采用不同的进化模型对变异进行分析评估，并在此基础上构建系统发育树。

92、问答题  简述BLAST搜索的算法思想。

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本题答案：BLAST是一种局部最优比对搜索算法，将所查询的序列打
本题解析：试题答案BLAST是一种局部最优比对搜索算法，将所查询的序列打断成许多小序列片段，然后小序列逐步与数据库中的序列进行比对，这些小片段被叫做字”word”；当一定长度的的字（W）与检索序列的比对达到一个指定的最低分（T）后，初始比对就结束了；一个序列的匹配度由各部分匹配分数的总和决定，获得高分的序列叫做高分匹配片段（HSP），程序将最好的HSP双向扩展进行比对，直到序列结束或者不再具有生物学显著性，最后所得到的序列是那些在整体上具有最高分的序列，即，最高分匹配片段（MSP），这样，BLAST既保持了整体的运算速度，也维持了比对的精度。

93、问答题  如何查找由Rao Y 实验室于2005以后发表的，文章主题中与brain有关的文献，写出检索语言。

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本题答案：Brain[ti] AND RaoY[au] AND
本题解析：试题答案Brain[ti] AND RaoY[au] AND 2005:2013[dp]

94、问答题  生物信息学在基因芯片中的应用有哪些？

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本题答案：（1）确定芯片检测目标。
（2）芯片设计。<
本题解析：试题答案（1）确定芯片检测目标。
（2）芯片设计。
（3）实验数据管理与分析。

95、填空题  多序列联配的常用软件：（）

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本题答案：Clustal
本题解析：试题答案Clustal

96、名词解释  FASTA

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本题答案：是第一个被广泛使用的数据库相似性搜索算法，这个程序通过
本题解析：试题答案是第一个被广泛使用的数据库相似性搜索算法，这个程序通过扫描序列中“词”的小配对，从而寻找最优局部比对

97、单项选择题  Bioinformatics的含义是（）。

A.生物信息学
B.基因组学
C.蛋白质组学
D.表观遗传学

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本题答案：A
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98、单项选择题  下列Fasta格式正确的是（）。

A.seq1：agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta
B.>seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaac actccctta
C.seq1：agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta
D.>seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

99、问答题  以下软件的主要用途是什么？

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本题答案：RepeatMasker, CpGPlot, Spli
本题解析：试题答案RepeatMasker, CpGPlot, Splice View, Genscan, ORF finder, neural network promoter prediction.
答：RepeatMasker：是对重复序列进行分析的软件
GpGPlot：用来查找一条DNA序列中CpG岛，使用Gardine-Garden和Frommer描述的方法
Splice View：是对一段序列进行剪接位点的分析即其中的受体和供体位点
Genscan：是一种从头分析工具
ORF finder：是用来分析序列ORF的工具
neural networkpromoter prediction：神经网络启动子预测是另外一种分析启动子的方法

100、名词解释  聚类分析

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本题答案：就是将数据分成若干簇（cluster），簇内最大程度相
本题解析：试题答案就是将数据分成若干簇（cluster），簇内最大程度相似，簇间最大程度相异。某一状态的出现概率仅取决于其前驱的k个状态，k阶马尔可夫模型