1、问答题  如何处理BLAST后过少或过多的结果？

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本题答案：如何处理过多的结果：限定数据库：Refseq；限定生物
本题解析：试题答案如何处理过多的结果：限定数据库：Refseq；限定生物体；利用序列的特定部分搜索；调整打分矩阵；调整E值。处理过少的结果：去掉数据库限定，进行多个数据库搜索；提高E值；尝试更高的PAM矩阵和更低的BLOSUM矩阵；去掉物种限制；进行高级比对搜索。

2、名词解释  有根树

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本题答案：能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。
本题解析：试题答案能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。

3、问答题  你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？

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本题答案：（1）主要用于：
在基因组分析方面：生物序列相似
本题解析：试题答案（1）主要用于：
在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分子进化、蛋白质结构预测等
在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。
（2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。

4、单项选择题  利用中国知网文献数据库（中国知网）查找论文题目是“黄瓜无毛突变体叶片叶绿体超微结构与光合特性”第一作者是（）。

A.曹辰兴
B.张松
C.郭红芸
D.郭延奎

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

5、问答题  在MEGA2软件中，提供了哪些碱基替换距离模型，试列举其中3种，解释其含义。

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本题答案：碱基替换模型包括，No.ofdifferences、p
本题解析：试题答案碱基替换模型包括，No.ofdifferences、p-distance、Jukes-Cantordistance、Tajima-Neidistance、Kimur2-parameterdistance、Tamura3-parameterdistance、Tamura-Neidistance
p-distance：表示有差异的核苷酸位点在序列中所占比例，将有差异的核苷酸位点数除已经比对的总位点数就可以得到
Jukes-Cantor：模型假设ATCG的替换速率是一致的，然后给出两个序列核苷酸替换数的最大似然估计
Kimura2-parameter：模型考虑到了转换很颠换队多重击中的影响，但假设整个序列中4钟核苷酸的频率是相同哈德在不同位点上的碱基替换频率是相同的

6、名词解释  标度树

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本题答案：分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。
本题解析：试题答案分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。

7、名词解释  折叠子（Fold）

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本题答案：在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大
本题解析：试题答案在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大区域具有特定的空间取向。

8、名词解释  BLAST

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本题答案：基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行
本题解析：试题答案基本局部比对搜索工具，用于相似性搜索的工具，对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。

9、问答题  什么叫contig？

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本题答案：Contig：重叠群，基因组测序中将许多序列片段经过比
本题解析：试题答案Contig：重叠群，基因组测序中将许多序列片段经过比对找到重叠区，从而连接成的长片段。

10、问答题  PCR引物设计有哪些原则？

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本题答案：⑴产物不能形成二级结构；
⑵引物长度一般在1
本题解析：试题答案⑴产物不能形成二级结构；
⑵引物长度一般在15~30个碱基之间；
⑶G+C含量在40％~60％之间；⑷碱基要随机分布；
⑸引物自身不能有连续4个碱基互补；
⑹引物之间不能有连续4个碱基的互补；
⑺引物端可以修饰；
⑻引物不可修饰；
⑼引物端要避开密码子的第三位。

11、名词解释  除权配对算法（UPGMA）

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本题答案：最初，每个序列归为一类，然后找到距离最近的两类将其归为
本题解析：试题答案最初，每个序列归为一类，然后找到距离最近的两类将其归为一类，定义为一个节点，重复这个过程，直到所有的聚类被加入，最终产生树根。

12、问答题  简述PAM矩阵与BLUSUM矩阵的关系

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本题答案：（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）P
本题解析：试题答案（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）PAM矩阵是基于近相关蛋白家族数据的，并且假设高度相关蛋白的取代概率可以外推到远相关蛋白的概率。BLOSUM矩阵是基于实际观测到的远相关蛋白比对。
（3）高值BLOSUM矩阵和低值PAM矩阵最适合于研究高度保守的蛋白；低值BLOSUM矩阵和高值PAM矩阵最适合检测远相关蛋白。
（4）一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好。对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵。PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域。

13、单项选择题  OMIM是（）。

A.在线人类孟德尔遗传数据库
B.国家核酸数据库
C.人类基因组计划
D.水稻基因组计划

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

14、单项选择题  利用PubMed文献数据查找论文“Transgenic plants of Petunia hybrida harboring the CYP2E1 gene efficiently remove benzene and toluene pollutants and improve resistance to formaldehyde”的第一作者是（）。

A.XiangT
B.BaoL
C.LiP
D.ZhangD

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

15、问答题  你认为，什么是生物信息学？

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本题答案：采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种
本题解析：试题答案采用信息科学技术，借助数学、生物学的理论、方法，对各种生物信息（包括核酸、蛋白质等）的收集、加工、储存、分析、解释的一门学科。

16、名词解释  motif

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本题答案：又称模体，实序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有
本题解析：试题答案又称模体，实序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。通常由2、3个二级结构单位组成，一般为α螺旋、β折叠和环。motif作为结构域中的亚单位，表现结构域的各种生物学功能。

17、问答题  什么是动态规划算法？

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本题答案：动态规划算法（Dynamic Programming
本题解析：试题答案动态规划算法（Dynamic Programming Algorithm）是一种计算方法，它的主要思路是把一个问题分成若干个小问题来解决，在序列比对尤其是双序列比对中非常重要，因为其提供了序列间最优的对位排列。在生物学中应用的两种动态规划算法：Needleman-Wunsch算法（全局比对）和Smith-Waterman算法（局部比对）。

18、名词解释  BioEdit

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本题答案：BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件。功能包括
本题解析：试题答案BioEdit是一个序列编辑器与分析工具软件。功能包括：序列编辑、外挂分析程序、RNA分析、寻找特征序列、支持超过20000个序列的多序列文件、基本序列处理功能、质粒图绘制等等。

19、单项选择题  下列Fasta格式正确的是（）。

A.seq1：agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta
B.>seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta
C.seq1：agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta
D.>seq1agcggatccagacgctgcgtttgctggctttgatgaaaactctaactaaacactccctta

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

20、名词解释  聚类分析

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本题答案：就是将数据分成若干簇（cluster），簇内最大程度相
本题解析：试题答案就是将数据分成若干簇（cluster），簇内最大程度相似，簇间最大程度相异。某一状态的出现概率仅取决于其前驱的k个状态，k阶马尔可夫模型

21、问答题  指出下列特殊标识符的格式？

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本题答案：①序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字
②Ge
本题解析：试题答案①序列辨认号（GI）：一串阿拉伯数字
②GenBank/EMBL/DDBJ序列接受号：
1个字母+5个阿拉伯数字；1个字母+6个阿拉伯数字
③RefSeq序列接受号：带“-”
mRNA记录（NM*）；完整的基因组或染色体（NC*）
④PDB序列接受号：1个阿拉伯数字+3个字母

22、名词解释  GenBank

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本题答案：是美国全国卫生研究所维护的基因序列数据库，汇集并注释了
本题解析：试题答案是美国全国卫生研究所维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸序列，与日本的DNA数据库DDBJ以及欧洲分子实验室核酸序列数据库EMBL一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。

23、问答题  打分矩阵有哪些？

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本题答案：（1）核酸打分矩阵：
等价矩阵、BLAST矩
本题解析：试题答案（1）核酸打分矩阵：
等价矩阵、BLAST矩阵、转换-颠换矩阵
（2）蛋白质打分矩阵：
等价矩阵、氨基酸突变代价矩阵（遗传密码矩阵GCM）、疏水矩阵、PAM矩阵、BLOSUM矩阵。

24、名词解释  maximum parsimony method

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本题答案：最大简约法基于进化过程中所需核苷酸（或氨基酸）替代数目
本题解析：试题答案最大简约法基于进化过程中所需核苷酸（或氨基酸）替代数目最少的假说，对所有可能正确的拓扑结构进行计算并挑选出所需替代数最小的拓扑结构作为最优系统树。

25、问答题  双序列比对方法有哪些？

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本题答案：①点阵序列比较(Dot Matrix Sequence
本题解析：试题答案①点阵序列比较(Dot Matrix Sequence Comparison)
②动态规划算法(Dynamic Programming Algorithm)
③词或K串方法(Word or K-tuple Methods)
④贝叶斯统计方法(Bayesian Statistical Methods)

26、问答题  预测蛋白质三级结构的三种方法

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本题答案：1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3
本题解析：试题答案1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3D模型；
2）折叠识别法：寻找与未知蛋白最合适的模板，进行序列与结构比对，最终建立结构模型；
3）从头预测法：根据序列本身从头预测蛋白质结构。

27、填空题  序列比对的基本思想，是找出（）和（）的相似性，就是通过在序列中插入（）的方法使所比较的序列长度达到一致。比对的数学模型大体分为两类，分别是（）和（）。

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本题答案：检测基因；目标序列；空位；整体比对；局部比对
本题解析：试题答案检测基因；目标序列；空位；整体比对；局部比对

28、名词解释  简约信息位点

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本题答案：指基于DNA或蛋白质序列，利用最大简约法构建系统发育树
本题解析：试题答案指基于DNA或蛋白质序列，利用最大简约法构建系统发育树时，如果每个位点的状态至少存在两种，每种状态至少出现两次的位点。其它位点为都是非简约性信息位点。

29、单项选择题  TAIR（AtDB）数据库是（）。

A.线虫基因组
B.果蝇基因组
C.拟南芥数据库
D.大肠杆菌基因组

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

30、名词解释  分子钟

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本题答案：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通
本题解析：试题答案认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。

31、问答题  简述KEGG的PATHWAYS数据库中包括的哪6种数据库？

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本题答案：GENES/SSDB/KOdatabases/COMP
本题解析：试题答案GENES/SSDB/KOdatabases/COMPOUND/GLYCAN/REACTION

32、单项选择题  EST的含义是（）。

A.表达序列标签
B.序列标签位点
C.高通量基因组序列
D.人工合成序列

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

33、名词解释  密码子偏好性（codon bias）

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本题答案：氨基酸的同义密码子的使用频率与相应的同功tRNA的水平
本题解析：试题答案氨基酸的同义密码子的使用频率与相应的同功tRNA的水平相一致，大多数高效表达的基因仅使用那些含量高的同功tRNA所对应的密码子，这种效应称为密码子偏好性。

34、填空题  常用的序列搜索方法：（）和（）

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本题答案：FASTA；BLAST
本题解析：试题答案FASTA；BLAST

35、问答题  蛋白质二级结构有哪些？

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本题答案：（1）螺旋
（2）b折叠–平行折
本题解析：试题答案（1）螺旋
（2）b折叠–平行折叠反平行折叠
（3）b转角–连接作用”U”型结构（大多Phe，Gly组成）
（4）无规卷曲-没有确定规律性的肽链构象，但仍是紧密有序的稳定结构
（5）无序结构多肽链中有60％的区段为a螺旋和b折叠

36、名词解释  先导化合物

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本题答案：是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能
本题解析：试题答案是指具有一定药理活性的、可通过结构改造来优化其药理特性而可能导致药物发现的特殊化合物。就是利用计算机在含有大量化合物三维结构的数据库中，搜索能与生物大分子靶点匹配的化合物，或者搜索能与结合药效团相符的化合物，又称原型物，简称先导物，是通过各种途径或方法得到的具有生物活性的化学结构

37、单项选择题  隐马尔科夫模型的代号是（）。

A.HMM
B.CDD
C.HTGS
D.GSS

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

38、单项选择题  蛋白质基序（motif）中[ST]的含义是（）。

A.氨基酸为ST
B.氨基酸为S和T
C.氨基酸为S或T
D.除掉S和T之外的任意氨基酸

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

39、多项选择题  下列哪些分子类型属于非蛋白质编码区（）

A.内含子
B.卫星DNA
C.伪基因
D.启动子
E.增强子

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本题答案：A, B, C, D, E
本题解析：暂无解析

40、名词解释  邻接法（neighbor-joining method）

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本题答案：是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小
本题解析：试题答案是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制，能够克服UPGMA算法要求进化速率保持恒定的缺陷。

41、填空题  常用的三种序列格式：（）

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本题答案：NBRF/PIR，FASTA和GDE
本题解析：试题答案NBRF/PIR，FASTA和GDE

42、名词解释  PROSITE

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本题答案：是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、
本题解析：试题答案是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征，能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。

43、问答题  什么简约信息位点Pi？

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本题答案：指基于DNA或蛋白质序列，应用最大简约法构建系统发育树
本题解析：试题答案指基于DNA或蛋白质序列，应用最大简约法构建系统发育树时，如果某个位点的状态存在两种或两种以上，每种状态出现两次或两次以上，这样的位点称简约信息位点。

44、填空题  识别基因主要有两个途径即（）和（）。

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本题答案：基因组DNA外显子识别；基于EST策略的基因鉴定
本题解析：试题答案基因组DNA外显子识别；基于EST策略的基因鉴定

45、名词解释  注释（annotation）

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本题答案：对数据库中原始的DNA碱基序列添加相关信息（比如编码的
本题解析：试题答案对数据库中原始的DNA碱基序列添加相关信息（比如编码的基因，氨基酸序列等）或其他的注解。

46、问答题  简述GenBank数据库中GBFF格式的结构？

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本题答案：GenBank flatfile（GBFF）是GenB
本题解析：试题答案GenBank flatfile（GBFF）是GenBank数据库的基本信息单位，也是最广泛地用以表示生物序列的格式之一。GBFF可以分成三个部分，头部包含关于整个记录的信息（描述符）；第二部分包含了注释这一记录的特性；第三部分是核苷酸序列自身。所有的核苷酸数据库记录（DDBJ/EMBL/GenBank）都在最后一行以//结尾.

47、名词解释  一致序列

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本题答案：这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺
本题解析：试题答案这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺点是除了在特定位置最常见的残基之外，它们不能表示任何概率信息。

48、名词解释  多序列比对（multiple sequence alignment）

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本题答案：三个或多个序列之间的比对，如果序列在同一列有相同结构位
本题解析：试题答案三个或多个序列之间的比对，如果序列在同一列有相同结构位置的残基和（或）祖传的残基，则会在该位置插入空位。

49、名词解释  邻接片段

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本题答案：一组在染色体上有重叠区域的DNA片段的克隆
本题解析：试题答案一组在染色体上有重叠区域的DNA片段的克隆

50、问答题  简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。

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本题答案：通过两两比对聚类的方法进行，在开始时，每个序列分为一类
本题解析：试题答案通过两两比对聚类的方法进行，在开始时，每个序列分为一类，分别作为一个树枝的生长点，然后将最近的两序列合并，从而定义出一个节点，将这个过程不断的重复，直到所有的序列都被加入，最后得到一棵进化树。

51、名词解释  单基因回路

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本题答案：蛋白质与DNA启动子和增强子的相互作用。
本题解析：试题答案蛋白质与DNA启动子和增强子的相互作用。

52、问答题  简述人类基因组计划与生物信息学之间的相互促进关系。

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本题答案：人类基因组计划（Human Genome Projec
本题解析：试题答案人类基因组计划（Human Genome Project，HGP）是美国在1990年提出实施的一项伟大的科学计划，与阿波罗登月计划、曼哈顿原子弹计划同称为人类自然科学史上的三大计划。自实施以来，该计划在世界各国引起了很大反响。在人类基因组计划中，人们准备用15年时间，投入30亿美元，完成人类全部24条染色体中3×109个碱基对（bp，basepair）的序列测定，其主要任务包括作图（遗传图谱、物理图谱的建立及转录图谱的绘制）、测序和基因识别，还包括模式生物（如大肠杆菌、酵母、线虫、小鼠等）基因组的作图和测序，以及信息系统的建立。
随着人类基因组计划的提出和实施，实验数据和可利用信息急剧增加，人类基因组计划提供了以往不可想象的巨量的生物学信息资源。基因组信息的收集、储存、分发、分析显得越来越紧迫和重要，信息的管理和分析成为人类基因组计划实施过程中的一项重要工作，人类基因组计划向信息学提出了巨大的挑战。值得庆幸的是，人类基因组计划一开始就与计算机技术、信息高速公路同步发展，信息技术为生物信息学的发展提供了非常好的条件，为生物信息学的研究和应用提供了非常好的支撑。生物信息学与人类基因组计划紧密结合，互相渗透，生物信息学成为基因组计划不可分割的一部分。事实证明，人类基因组计划在生物信息学的支持下，前进步伐大大加快，已经提前完成计划，功能基因组研究也已经全面展开。而人类基因组计划反过来又大大促进了生物信息学的发展，HGP丰富了生物信息学的研究内容，促进生物信息学新思想、新方法的产生，生物信息学在最近10年迅速发展的历程证明了这一点。

53、名词解释  structure domain

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本题答案：结构域，是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可
本题解析：试题答案结构域，是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。

54、问答题  真核基因结构识别主要包含哪些内容？

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本题答案：（1）ORF识别及其可靠性验证：确定DNA序列的编码区
本题解析：试题答案（1）ORF识别及其可靠性验证：确定DNA序列的编码区
（2）启动子及转录因子结合位点分析：CAP序列、识别区、解旋区、转录起始位点
（3）重复序列分析：哺乳动物基因组中存在大量重复序列，由于重复序列的大量存在常会影响序列的正确分析，因此在对真核基因进行分析前，最好能把重复序列找出来，并从序列中屏蔽掉
（4）CpGisland：可以为基因及其启动子的预测提供重要的线索
（5）3’UTR区：真核生物的转录终止信号是在3’UTR区

55、名词解释  折叠识别法

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本题答案：寻找与已知蛋白最合适的模板，进行结构和序列比对，最终建
本题解析：试题答案寻找与已知蛋白最合适的模板，进行结构和序列比对，最终建立机构模型。
又称为线索化方法。（另一版本：先假设一个特定的蛋白构象，然后对这一构象进行评估的过程。）

56、问答题  UniGene数据库主要收集什么样的数据？

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本题答案：UniGene数据库称得上是一个实验性质的系统，它通过
本题解析：试题答案UniGene数据库称得上是一个实验性质的系统，它通过程序自动将GenBank中的基因序列划分到某个非冗余的基于基因的集合中。这样，每个UniGene集合就代表了一个独特的基因，并包含了与这个基因相关的信息。

57、填空题  蛋白质结构域家族的数据库有：（），（）

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本题答案：Pfam；SMART
本题解析：试题答案Pfam；SMART

58、问答题  NCBI维护的核苷酸数据库由哪几部分组成的，其主要的内容是什么？

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本题答案：由三部分组成：表达序列标签序列、基因组测序序列、核心核
本题解析：试题答案由三部分组成：表达序列标签序列、基因组测序序列、核心核苷酸序列。

59、名词解释  序列模式（Motif）

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本题答案：蛋白质序列中短的保守区域，它们是结构域中保守性很高的部分。
本题解析：试题答案蛋白质序列中短的保守区域，它们是结构域中保守性很高的部分。

60、名词解释  质谱（MS）

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本题答案：是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的
本题解析：试题答案是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的方法，从而使分子质量的准确确定成为可能。
质谱分析的两个工具

61、多项选择题  RFLP是DNA多态性中最多见的一种，它产生的机制包括（）

A.DNA分子产生突变，使某些酶切位点数增加
B.DNA分子产生突变，使某些酶切位点数减少
C.限制性酶切位点之间重复序列数目变异
D.限制性酶星活性
E.限制性酶切位点前后的DNA片断发生插入或删除

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本题答案：A, B, E
本题解析：暂无解析

62、单项选择题  GenBank中分类码PLN表示是（）。

A.哺乳类序列
B.细菌序列
C.噬菌体序列
D.植物、真菌和藻类序列

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

63、单项选择题  根据大量EST具有相互重叠的性质，通过计算机算法获得cDNA全长序列，这种克隆基因的方法是（）。

A.重叠克隆
B.电子克隆
C.基因步移
D.基因重组

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

64、名词解释  马尔可夫链

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本题答案：具有马尔可夫特性的离散状态随机过程。
本题解析：试题答案具有马尔可夫特性的离散状态随机过程。

65、问答题  简述在蛋白质三级结构预测中同源建模法的步骤。

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本题答案：（1）搜索与目标蛋白序列相似的模板蛋白
（2
本题解析：试题答案（1）搜索与目标蛋白序列相似的模板蛋白
（2）目标序列与模板序列比对
（3）建立骨架（将模板结构叠加起来，找结构保守区域）
（4）构建目标蛋白质的侧链
（5）构建目标蛋白质的环区（从已知的环区构象中选出一最优的构象）
（6）优化模型（找出结构中异常的构象）

66、填空题  （）和（）中的注释所涉及的问题是不同的

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本题答案：原核生物；真核生物基因组
本题解析：试题答案原核生物；真核生物基因组

67、名词解释  BLASTp

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本题答案：是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列
本题解析：试题答案是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

68、单项选择题  NCBI中人类无冗余基因数据库是（）。

A.UniGene
B.UniPro
C.UniRef
D.URF

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

69、问答题  什么是多序列全局比对的累进算法？（三个步骤）

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本题答案：第一，所有的序列之间逐一比对（双重比对）；

本题解析：试题答案第一，所有的序列之间逐一比对（双重比对）；
第二，生成一个系统树图，将序列按相似性大致分组；
第三，使用系统树图作为引导，产生出最终的多序列比对结果。

70、名词解释  系统发育分析

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本题答案：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可
本题解析：试题答案通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。

71、名词解释  PSI-BLAST

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本题答案：位点特异性迭代比对。是一种专门化的的比对，通过调节序列打分矩
本题解析：试题答案位点特异性迭代比对。是一种专门化的的比对，通过调节序列打分矩阵（scoringmatrix）探测远缘相关的蛋白。

72、单项选择题  利用PubMed文献数据查找论文“Enhancing phytoremediation through the use of transgenics and endophytes”发表的期刊是（）。

A.New  Phytol
B.Gene
C.Nature
D.Plant  Phsiol

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

73、问答题  EST能否代表一个新的基因？为什么？

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本题答案：不能，由于不是所有与数据库不匹配的EST都代表不同基因
本题解析：试题答案不能，由于不是所有与数据库不匹配的EST都代表不同基因，其中包含两种可能。一种可能：该EST是一个CDS，而数据库内尚无它的同源序列。另一种可能：该EST是一段数据库内没有收录的非编码序列。

74、问答题  如何选择合适的评分矩阵？

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本题答案：一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM
本题解析：试题答案一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好
当比较距离相近的蛋白时，应选择低的PAM或高的BLOSUM矩阵；当比较距离较远的蛋白时，应选择高的PAM或低的BLOSUM矩阵
对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵
PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域

75、名词解释  权重矩阵（序列轮廓）

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本题答案：它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都
本题解析：试题答案它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都有分值，并且特定位置插入或缺失的可能性均有一定的衡量方法（课件定义）。基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。

76、名词解释  互补序列（complementary sequence）

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本题答案：能够与其他DNA片段根据碱基互补序列（A与T配对，G与
本题解析：试题答案能够与其他DNA片段根据碱基互补序列（A与T配对，G与C配对）形成两练结构的核苷酸序列。

77、单项选择题  motif的含义是（）。

A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

78、单项选择题  微卫星标记是（）。

A.RFLP
B.SNP
C.SSR
D.RAPD

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

79、名词解释  BioPerl

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本题答案：是Perl语言专门用于生物信息学、基因组学及其他生命科
本题解析：试题答案是Perl语言专门用于生物信息学、基因组学及其他生命科学领域的工具与函数模块集。

80、单项选择题  利用PubMed文献数据查找论文“Cancer epigenetics: from mechanism to therapy”作者的单位是（）。

A.University of California
B.University of Columbia
C.University of Cambridge
D.University of Chicago

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

81、单项选择题  DNA中Tm值与（）含量成正比。

A.G+A
B.G+C
C.T+C
D.A+T

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

82、问答题  生物信息学数据库的组成包括哪些部分？数据库有哪些类型？

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本题答案：生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据
本题解析：试题答案生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据库的类型包括核算和蛋白质一级结构序列数据库、基因组数据库、生物大分子三维空间结构数据库、以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。

83、单项选择题  ortholog的含义是（）。

A.直系同源
B.旁系同源
C.直接进化
D.间接进化

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

84、名词解释  ncRNA

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本题答案：非编码RNA，是指没有编码蛋白质功能的所有RNA，它缺乏开放
本题解析：试题答案非编码RNA，是指没有编码蛋白质功能的所有RNA，它缺乏开放阅读框，常由编码蛋白质的基因反转录而来。

85、单项选择题  在真核生物的一个基因内含子两端，即外显子/内含子拼接边界处，其符合（）规则。

A.Kozak
B.AU…AG
C.SD
D.Poly（A）n

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

86、问答题  简述PCR引物设计的基本原则及其注意要点

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本题答案：原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免
本题解析：试题答案原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能再模板的非等位点引发DNA聚合反应（即错配）。
注意要点：
1、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适合于TaqDNA聚合酶进行反应。
2、引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发几率增加。
3、引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基。另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。
4、引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。
5、引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm值的计算有很多种方法，如按公式Tm=4（G+C）+2（A+T），在Oligo软件中使用的是最邻近法（thenearestneighbormethod）。
6、G值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3’端G值较低（绝对值不超过9），而在5’端和中间G值相对较高的引物。引物的3’端的G值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。
7、引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。
8、对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。

87、问答题  BLAST套件的blastn、blastp、blastx、tblastn和tblastx子工具的用途什么？

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本题答案：blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行
本题解析：试题答案blastn是将给定的核酸序列与核酸数据库中的序列进行比较；Blastp是使用蛋白质序列与蛋白质数据库中的序列进行比较，可以寻找较远的关系；Blastx将给定的核酸序列按照六种阅读框架将其翻译成蛋白质与来源:91考试网 91EXAm.org蛋白质数据库中的序列进行比对，对分析新序列和EST很有用；Tblastn将给定的氨基酸序列与核酸数据库中的序列（双链）按不同的阅读框进行比对，对于寻找数据库中序列没有标注的新编码区很有用；Tblastx只在特殊情况下使用，它将DNA被检索的序列和核酸序列数据库中的序列按不同的阅读框全部翻译成蛋白质序列，然后进行蛋白质序列比对。

88、单项选择题  提交序列到GenBank中，使用的程序可以是（）。

A.Entrez
B.SRS
C.Medline
D.BankIt

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

89、名词解释  molecular phylogenetic tree

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本题答案：分子进化树，精确地反映物种间或群体间在进化过程中发生的
本题解析：试题答案分子进化树，精确地反映物种间或群体间在进化过程中发生的极微细的遗传变异，而且借助化石提供的大分子类群的分化年代能定量地估计出物种间或群体间的分化年代。

90、名词解释  空位罚分

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本题答案：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中
本题解析：试题答案空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。

91、名词解释  HGP(human genome project)

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本题答案：人类基因组计划，1990年由美国能源部（DOE）和国立
本题解析：试题答案人类基因组计划，1990年由美国能源部（DOE）和国立健康研究院（NIH）资助的一个研究计划。
目的是：
①鉴定出人类的所有基因；
②确定构成人类基因组的约30亿个碱基对的序列；
③将上述信息储存于专门的数据库中，并开发出相应的分析工具；
④研究由此而产生的伦理、法律和社会问题并提出相应对策。

92、名词解释  支架

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本题答案：由序列重叠群拼接而成。
本题解析：试题答案由序列重叠群拼接而成。

93、单项选择题  生物芯片分析中使用的聚类分析输出图形主要以下列哪种方式表现？（）

A.以彩色小方块阵列表示
B.以蜂窝形状表示
C.以黑白圆点表示
D.以彩色线条表示

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

94、问答题  简述生物类的数据库类别分为有哪两种及其定义

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本题答案：一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据
本题解析：试题答案一级数据库：数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释（投稿文章首先要将核苷酸序列或蛋白质序列提交到相应的数据库中）
二级数据库：对原始生物分子数据进行整理、分类的结果，是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。

95、名词解释  生物信息学

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本题答案：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以
本题解析：试题答案研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型；利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。

96、名词解释  距离法

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本题答案：首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推
本题解析：试题答案首先通过各个物种之间的比较，根据一定的假设（进化距离模型）推导得出分类群之间的进化距离，构建一个进化距离矩阵。其次基于这个矩阵中的进化距离关系构建进化树。

97、问答题  什么是序列比对中使用的PAM矩阵和BLOSUM矩阵，它们的作用是什么，一般BLAST选择使用的矩阵是什么

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本题答案：PAM矩阵和BLOSUM矩阵都是用于序列相似性的记分矩
本题解析：试题答案PAM矩阵和BLOSUM矩阵都是用于序列相似性的记分矩阵（scoring matrix）。记分矩阵中含有对齐时具体使用的数值。一般FASTA和BLAST都提供BLOSUM或PAM系列矩阵供选择，若要进行突变性质的进化分析时可以使用PAM，FASTA缺省推荐BLOSUM50矩阵。
PAM矩阵（Point Accepted Mutation）基于进化的点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸。
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks Substitution Matrix)首先寻找氨基酸模式，即有意义的一段氨基酸片断（如一个结构域及其相邻的两小段氨基酸序列），分别比较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数据），然后，以所有 60％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM60；以所有80％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM80。

98、问答题  假设你得到一段未知基因的DNA序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未知基因的功能和家族类别（包括系统发育树构建）

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本题答案：1、得到未知基因的DNA序列，用Blast做序列比对，找出与
本题解析：试题答案1、得到未知基因的DNA序列，用Blast做序列比对，找出与其基因相似的核苷酸序列和蛋白质序列。
2、接着，用搜索出来的较相似的序列用ClustW进行多序列比对，得到该序列的保守情况和突变情况。
3、最后用距离法构建系统发育树。

99、名词解释  coiled coil

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本题答案：卷曲螺旋，是蛋白质中由2~7条α螺旋链相互
本题解析：试题答案卷曲螺旋，是蛋白质中由2~7条α螺旋链相互缠绕形成类似麻花状结构的总称。卷曲螺旋是控制蛋白质寡聚化的元件，在机体内执行着分子识别、代谢调控、细胞分化、肌肉收缩、膜通道等生物学功能。

100、问答题  简述最大似然法（ML）的算法思想。

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本题答案：是一种基于离散特征的进化树算法。该法首先选择一个合适的进化模
本题解析：试题答案是一种基于离散特征的进化树算法。该法首先选择一个合适的进化模型，然后对所有可能的进化树进行评估，通过对每个进化位点的替代分配一个概率，最后找出概率最大的进化树。

101、问答题  什么事件大大促进了生物信息学的发展？

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本题答案：20世纪90年代后
HGP促进生物信息学的迅
本题解析：试题答案20世纪90年代后
HGP促进生物信息学的迅速发展

102、多项选择题  20世纪三大著名计划包括（）

A.阿波罗登月计划
B.卫星计划
C.HGP
D.肿瘤计划
E.曼哈顿原子弹计划

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本题答案：A, C, E
本题解析：暂无解析

103、问答题  试述PSI-BLAST搜索的5个步骤。

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本题答案：[1]选择待查序列（query）和蛋白质数据库；本题解析：试题答案[1]选择待查序列（query）和蛋白质数据库；
[2]PSI-BLAST构建一个多序列比对，然后创建一个序列表谱（profile）又称特定位置打分矩阵（PSSM）；
[3]PSSM被用作query搜索数据库
[4]PSI-BLAST估计统计学意义（eva lues）
[5]重复[3]和[4]，直到没有新的序列发现。

104、名词解释  E值

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本题答案：衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以
本题解析：试题答案衡量序列之间相似性是否显著的期望值。E值大小说明了可以找到与查询序列（query）相匹配的随机或无关序列的概率，E值越接近零，越不可能找到其他匹配序列，E值越小意味着序列的相似性偶然发生的机会越小，也即相似性越能反映真实的生物学意义。

105、名词解释  整体联配（global alignment）

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本题答案：对两个核苷酸或蛋白质序列的全长所进行的比对。
本题解析：试题答案对两个核苷酸或蛋白质序列的全长所进行的比对。

106、问答题  简述人工神经网络预测蛋白质二级结构的基本步骤。

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本题答案：1）输入数据（来自PDB）
2）产生一个神经
本题解析：试题答案1）输入数据（来自PDB）
2）产生一个神经网络（一个计算程序）
3）用已知的蛋白质二级结构来训练这个模型
4）由训练好的模型来给出未知蛋白的一个可能的结构
5）最后从生物角度来检验预测的一系列氨基酸是否合理

107、单项选择题  目前应用于基因芯片表达数据统计分析的主要方法是（）。

A.卡方检验
B.相关分析
C.聚类分析
D.正态性分布检验

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

108、单项选择题  生物信息学主要是利用哪种工具实现对生命科学研究中生物信息的存储、检索和分析的？（）

A.计算机
B.iPhone
C.人造卫星
D.手机

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

109、问答题  生物分子数据类型有哪些？

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本题答案：DNA序列数据、蛋白质序列数据、生物分子结构数据、生物分子功
本题解析：试题答案DNA序列数据、蛋白质序列数据、生物分子结构数据、生物分子功能数据

110、填空题  多序列联配的常用软件：（）

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本题答案：Clustal
本题解析：试题答案Clustal

111、单项选择题  SAGE的含义是（）。

A.基因表达连续分析
B.聚丙烯酰胺凝胶电泳
C.基因组分析
D.双向电泳分析

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

112、单项选择题  analogy的含义是（）。

A.登录号
B.算法
C.比对
D.类推

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

113、名词解释  HMM 隐马尔可夫模型

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本题答案：一种统计模型，它考虑有关匹配、错配和间隔的所有可能的组
本题解析：试题答案一种统计模型，它考虑有关匹配、错配和间隔的所有可能的组合来生成一组序列排列。（课件定义）是蛋白质结构域家族序列的一种严格的统计模型，包括序列的匹配，插入和缺失状态，并根据每种状态的概率分布和状态间的相互转换来生成蛋白质序列。

114、名词解释  miRNA

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本题答案：是一类小的非编码单链RNA，由19~25个核苷酸构成，
本题解析：试题答案是一类小的非编码单链RNA，由19~25个核苷酸构成，广泛存在于动植物中，调节着基因表达。

115、问答题  简述DNA计算实现方式中，表面方式与试管方式相比具有哪些优点？

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本题答案：试管方式：就是在一个或多个试管的溶液里进行生化反应；<
本题解析：试题答案试管方式：就是在一个或多个试管的溶液里进行生化反应；
表面方式：是将对应的解空间的DNA分子固定在一块固体上，其次进行各种生化反应，或是在表面逐步形成解空间，然后根据具体问题对所有可能的解进行筛选，最后得到运算结果。
（1）操作简单，易于实现自动化操作；
（2）减少人为操作过程中造成的DNA分子的丢失及其它操作失误；
（3）减少分子在表面上的相互作用，同时增强分子间的特异性结合；
（4）信息储存密度大，据估计，10毫克DNA表面上的储存密度是传统计算姬的10的8次方倍，而在溶液中仅为10的5次方倍；
（5）结果易于纯化。

116、填空题  初级序列数据库（）；（）和（）

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本题答案：GenBank，EMBL,DDBJ
本题解析：试题答案GenBank，EMBL,DDBJ

117、名词解释  系统发生（phylogeny）

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本题答案：是指生物种族的进化历史，亦即生物体在整个进化谱
本题解析：试题答案是指生物种族的进化历史，亦即生物体在整个进化谱

118、名词解释  基因预测的从头分析

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本题答案：依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界
本题解析：试题答案依据综合利用基因的特征，如剪接位点，内含子与外显子边界，调控区，预测基因组序列中包含的基因。

119、问答题  简述构建进化树的步骤，每一步列举1-2种使用的软件或统计学方法。

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本题答案：（1）多序列比对：ClustalW
（2）校对比
本题解析：试题答案（1）多序列比对：ClustalW
（2）校对比对结果：BIOEDIT
（3）建树：MEGA
（4）评估系统发育信号和进化树的牢固度：自举法（Bootstrap）

120、名词解释  linux operating system

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本题答案：linux操作系统，Linux是一类Unix计算机操作
本题解析：试题答案linux操作系统，Linux是一类Unix计算机操作系统的统称。Linux操作系统也是自由软件和开放源代码发展中最著名的例子。

121、名词解释  空位（gap）

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本题答案：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点
本题解析：试题答案在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。

122、问答题  分子途径和网络的特点

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本题答案：1）分子途径和网络的结构随意性大。图可以很简单，也可以
本题解析：试题答案1）分子途径和网络的结构随意性大。图可以很简单，也可以非常复杂。它们可能包含了多个分支，盘绕的连接和回路。
2）它们通常也显示出节点间关系的方向，例如表示出代谢通路或信号传导的方向。调控途径和网络的图也应该说明相互作用是正的还是负的。正的相互作用（促进或者活化作用）常常用箭头表示，而负的交互效应（抑制或者失活作用）常常用T型棒表示。

123、问答题  国际上权威的核酸序列数据库有那些？

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本题答案：（1）欧洲分子生物学实验室的EMBL。
（2
本题解析：试题答案（1）欧洲分子生物学实验室的EMBL。
（2）美国生物技术信息中心的GenBank。
（3）日本遗传研究所的DDBJ。

124、名词解释  信息位点

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本题答案：由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点
本题解析：试题答案由位点产生的突变数目把其中的一课树与其他树区分开的位点。

125、单项选择题  限制性片段长度多态性标记是（）。

A.RFLP
B.SNP
C.SSR
D.RAPD

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

126、名词解释  最大简约法（MP）

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本题答案：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或
本题解析：试题答案在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。

127、名词解释  多序列比对

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本题答案：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一
本题解析：试题答案通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。

128、名词解释  最佳联配（optimal alignment）

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本题答案：两个序列之间有最高打分值的排列。
本题解析：试题答案两个序列之间有最高打分值的排列。

129、问答题  UPGMA构树法不精确的原因是什么？

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本题答案：由个于UPGMA假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有
本题解析：试题答案由个于UPGMA假设在进化过程中所有核苷酸/氨基酸都有相同的变异率，也就是存在着一个分子钟；这种算法当所构建的进化树的序列进化速率明显不一致时，得到的进化树相对来说不准确的。

130、名词解释  序列比对（alignment）

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本题答案：将两个或多个序列排在一起，以达到最大一致性的过程（对于氨基酸
本题解析：试题答案将两个或多个序列排在一起，以达到最大一致性的过程（对于氨基酸序列是比较他们的保守性），这样评估序列间的相似性和同源性。

131、问答题  简述最大简约法（MP）的算法思想。

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本题答案：是一种基于离散特征的进化树算法。生物演化应该遵循简约性
本题解析：试题答案是一种基于离散特征的进化树算法。生物演化应该遵循简约性原则，所需变异次数最少（演化步数最少）的演化树可能为最符合自然情况的系统树。在具体的操作中，分为非加权最大简约分析（或称为同等加权）和加权最大简约分析，后者是根据性状本身的演化规律（比如DNA不同位点进化速率不同）而对其进行不同的加权处理。

132、单项选择题  如果我们试图做蛋白质亚细胞定位分析，应使用（）。

A.NDB数据库
B.PDB数据库
C.GenBank数据库
D.SWISS-PROT数据库

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

133、名词解释  比较基因组学

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本题答案：是在基因组图谱和测序的基础上，利用某个基因组研究获得的信息推
本题解析：试题答案是在基因组图谱和测序的基础上，利用某个基因组研究获得的信息推测其他原核生物、真核生物类群中的基因数目、位置、功能、表达机制和物种进化的学科。

134、填空题  蛋白质组研究的三大关键核心技术是（）、（）、（）。

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本题答案：双向凝胶电泳技术；质谱鉴定技术；计算机图像数据处理与蛋白质数
本题解析：试题答案双向凝胶电泳技术；质谱鉴定技术；计算机图像数据处理与蛋白质数据库

135、多项选择题  （）是现在国际上最主要的三大核酸序列数据库

A.EMBL
B.DDBJ
C.GenBank
D.NCBI
E.EBI

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本题答案：A, B, C
本题解析：暂无解析

136、填空题  通过比较建模预测蛋白质结构的软件有（）（SWISS—MODEL网站）

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本题答案：SWISS-PDBVIEWER
本题解析：试题答案SWISS-PDBVIEWER

137、名词解释  PIR

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本题答案：是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，
本题解析：试题答案是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组蛋白质研究

138、问答题  为什么蛋白质空间结构预测很重要，目前有哪几条途径用于从蛋白质的氨基酸序列预测其空间三维结构？

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本题答案：蛋白质空间结构的预测很重要。研究蛋白质结构，有助于了解
本题解析：试题答案蛋白质空间结构的预测很重要。研究蛋白质 91eXaM.org结构，有助于了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白质（或其它分子）之间的相互作用，通过分析蛋白质的结构，确认功能单位或者结构域，可以为遗传操作提供目标，为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据，同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构。
目前有三条途径用于从蛋白质一级序列预测其空间三维结构：
A、同源建模法。是蛋白质三维结构预测的主要方法。对于一个未知结构的蛋白质，首先通过序列同源分析找到一个已知结构的同源蛋白质，然后，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。前提是必须要有一个已知结构的同源蛋白质。
B、穿针引线法。需建立核心折叠数据库，在预测蛋白质空间结构时将一个待预测结构的蛋白质序列与数据库中核心折叠进行比对，找出比对结果最好的核心折叠，作为构造待预测蛋白质结构模型的根据。
C、从头开始法。在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，直接根据序列本身来预测其结构。该方法先对蛋白质及溶剂作近似处理，再建立能量函数，通过对构象空间进行快速搜索找到与某一全局最小能量相对应的构象。

139、名词解释  标度树（scaled tree）

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本题答案：分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。
本题解析：试题答案分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。

140、名词解释  MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)

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本题答案：是一款免费的构树软件，它提供了序列比对、格式转换、数据
本题解析：试题答案是一款免费的构树软件，它提供了序列比对、格式转换、数据修订、距离计算、系统树重建和可信度评估等全套功能，能对DNA、mRNA氨基酸序列及遗传距离进行系统发生分析以及基因分化年代的分析。

141、名词解释  Entrez

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本题答案：是由NCBI主持的一个数据库检索系统，它包括核酸，蛋白
本题解析：试题答案是由NCBI主持的一个数据库检索系统，它包括核酸，蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个DNA序列查询到蛋白产物以及相关文献，而且，每个条目均有一个类邻（neighboring）信息，给出与查询条目接近的信息。

142、名词解释  自举法检验（Bootstrap）

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本题答案：放回式抽样统计法。通过对数据集多次重复取样，构建多个进
本题解析：试题答案放回式抽样统计法。通过对数据集多次重复取样，构建多个进化树，用来检查给定树的分枝可信度。

143、问答题  假设你得到一段未知蛋白氨基酸序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未知蛋白质的功能和家族类别以及其结构预测.

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本题答案：1、用该序列进行BLASTP搜索。
2、再对
本题解析：试题答案1、用该序列进行BLASTP搜索。
2、再对其进行蛋白质结构域、功能域的搜索，可以用Znterproscan、Pfam，并对其进行结构分析。
3、再用ClustW进行多序列比对。
4、用人工神经网络的方法对其结构进行结构预测

144、名词解释  顺式调控元件

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本题答案：位于起始点上游（基因5‘端）控制转录的DN
本题解析：试题答案位于起始点上游（基因5‘端）控制转录的DNA序列，靠近它所调控的编码序列；其结构是模块化的，即DNA序列能被分成各个单元。

145、单项选择题  mRNA3′端有（）结构。

A.帽子
B.尾巴
C.帽子和尾巴
D.多聚胞嘧啶

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

146、问答题  试述SCOP蛋白质分类方案

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本题答案：SCOP将PDB数据库中的蛋白质按传统分类方法分成α型、β型
本题解析：试题答案SCOP将PDB数据库中的蛋白质按传统分类方法分成α型、β型、α/β型、α+β型，并将多结构域蛋白、膜蛋白和细胞表面蛋白、N蛋白单独分类，一共分成7种类型，并在此基础上，按折叠类型、超家族、家族三个层次逐级分类。对于具有不同种属来源的同源蛋白家族，SCOP数据库按照种属名称将它们分成若干子类，一直到蛋白质分子的亚基。

147、问答题  生物信息学分析的数据对象主要有哪几种？这些数据之间存在着什么关系？

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本题答案：其研究重点主要落实在核酸和蛋白质两个方面，包括它们的序
本题解析：试题答案其研究重点主要落实在核酸和蛋白质两个方面，包括它们的序列、结构和功能。生物信息学以基因组DNA序列信息分析作为出发点，破译遗传语言，认识遗传信息的组织规律，辨别隐藏在DNA序列中的基因，掌握基因调控信息，对蛋白质空间结构进行模拟和预测，依据蛋白质结构和功能的关系进行药物分子设计。

148、名词解释  模体（motif）

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本题答案：短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，
本题解析：试题答案短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，一般10-20个残基。

149、问答题  生物信息学主要研究内容。

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本题答案：（1）生物分子数据的收集与管理；
（2）数据库搜
本题解析：试题答案（1）生物分子数据的收集与管理；
（2）数据库搜索及序列比较；
（3）基因组序列分析；
（4）基因表达数据的分析与处理；
（5）蛋白质结构预测。

150、填空题  用于蛋白质二级结构预测的基本神经网络模型为三层的前馈网络，包括（）

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本题答案：输入层，隐含层和输出层
本题解析：试题答案输入层，隐含层和输出层

151、填空题  常用系统发育分析软件：（）

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本题答案：PHYLIP
本题解析：试题答案PHYLIP

152、问答题  试述蛋白质三维结构预测的三类方法

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本题答案：（1）同源建模，对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知
本题解析：试题答案（1）同源建模，对于一个未知结构的蛋白质，找到一个已知结构的同源蛋白质，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型，序列相似性低于30%的蛋白质难以得到理想的结构模型；
（2）在已知结模板的序列一致率小于25%时，使用折叠识别方法进行预测；
（3）在找不到已知结构的蛋白质模板时使用从头预测的方法。

153、问答题  系统发育树的构建步骤是什么？

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本题答案：①多序列比对（自动比对、手工比对）
②建立取
本题解析：试题答案①多序列比对（自动比对、手工比对）
②建立取代模型（建树的方法）
③建立进化树
④进化树的评估

154、单项选择题  LCR的含义是（）。

A.编码区
B.非编码区
C.低复杂度区域
D.开放阅读框

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

155、填空题  测试基因预测程序正确预测基因的能力的项目是（）（基因预测评估项目）

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本题答案：GASP
本题解析：试题答案GASP

156、单项选择题  没有直接参与完成人类基因组计划的国家是（）。

A.英国
B.中国
C.俄罗斯
D.德国

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

157、名词解释  Ab initio prediction

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本题答案：蛋白质三级结构预测方法—从头预测法，在既没有已知结构的同源蛋
本题解析：试题答案蛋白质三级结构预测方法—从头预测法，在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，只能采用从头预测方法，即（直接）仅仅根据序列本身来预测其结构。

158、名词解释  SRS(sequence retrieva l system)

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本题答案：序列查询系统，是EBI提供的多数据库查询工具之一。有与Ent
本题解析：试题答案序列查询系统，是EBI提供的多数据库查询工具之一。有与Entrez类似的功能外，还提供了一系列的序列分析工具，可以直接进行在线序列分析处理。

159、问答题  BLAST应用有哪些？

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本题答案：BLAST应用：
1.是序列分析的基础； 本题解析：试题答案BLAST应用：
1.是序列分析的基础；
2.评价实验结果；
3.为实验提供新思路，并指导进一步实验设计；
4.是寻找和鉴定新基因的重要手段；
5.是蛋白质结构预测和分子设计的基础；
6.是研究生物进化和种属分类的基本方法。

160、名词解释  打分矩阵（scoring matrix）

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本题答案：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理
本题解析：试题答案在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。

161、名词解释  RefSeq

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本题答案：给出了对应于基因和蛋白质的索引号码，对应于最稳定、最被人承认
本题解析：试题答案给出了对应于基因和蛋白质的索引号码，对应于最稳定、最被人承认的Genbank序列。

162、名词解释  超家族

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本题答案：进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。
本题解析：试题答案进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。

163、问答题  GEO数据库主要收集的是什么样的数据？

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本题答案：基因表达精选集（GEO）数据库存储的是一些准确的基因表
本题解析：试题答案基因表达精选集（GEO）数据库存储的是一些准确的基因表达图谱数据和大规模的分子实验数据

164、单项选择题  根据研究发现，人类基因组中真正编码蛋白质的区域仅占DNA序列的（）。

A.1-2%
B.3-5%
C.5-10%
D.10-20%

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

165、多项选择题  最常用的序列相似性查询工具是（）

A.FASTA
B.BLAST
C.SWISS-PROT
D.PDB
E.PIR

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本题答案：A, B
本题解析：暂无解析

166、问答题  生物信息学研究有什么意义？

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本题答案：（1）认识生物本质，了解生物分子信息的组织和结构，破译
本题解析：试题答案（1）认识生物本质，了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系
（2）改变生物学的研究方式
（3）改变传统研究方式，引进现代信息学方法
（4）在医学上的重要意义
为疾病的诊断和治疗提供依据
为设计新药提供依据

167、填空题  高分值局部联配的BLAST参数是（）（高分值片段对），（）（期望值）

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本题答案：HSPs；E
本题解析：试题答案HSPs；E

168、名词解释  二级数据库

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本题答案：在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍
本题解析：试题答案在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步的整理。

169、名词解释  无根树（unrooted tree）

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本题答案：只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引用外群
本题解析：试题答案只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引用外群或外部参照物种，可以在无根树中指派跟节点。（一种系统发育树，所有在树中的种系的最后共同祖先不显示。）

170、问答题  以下软件的主要用途是什么？

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本题答案：RepeatMasker, CpGPlot, Spli
本题解析：试题答案RepeatMasker, CpGPlot, Splice View, Genscan, ORF finder, neural network promoter prediction.
答：RepeatMasker：是对重复序列进行分析的软件
GpGPlot：用来查找一条DNA序列中CpG岛，使用Gardine-Garden和Frommer描述的方法
Splice View：是对一段序列进行剪接位点的分析即其中的受体和供体位点
Genscan：是一种从头分析工具
ORF finder：是用来分析序列ORF的工具
neural networkpromoter prediction：神经网络启动子预测是另外一种分析启动子的方法

171、多项选择题  分析EST序列时首要注意以下几点（）

A.EST序列中除了A\G\T\C外，可能出现未知碱基
B.EST只是单次测序，得出的结果没有可信度
C.EST序列中可能出现错误的插入和缺失，导致读码框移位
D.某个EST序列是数据库中另一序列的一个片段
E.某个EST序列不在基因的编码区内

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本题答案：A, C, D, E
本题解析：暂无解析

172、名词解释  BLOSUM矩阵

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本题答案：模块替代矩阵。矩阵中的每个位点的分值来自蛋白比对的局部
本题解析：试题答案模块替代矩阵。矩阵中的每个位点的分值来自蛋白比对的局部块中的替代频率的观察。每个矩阵适合特定的进化距离。例如，在BLOSUM62矩阵中，比对的分值来自不超过62%一致率的一组序列。

173、单项选择题  DDBJ的含义是（）。

A.美国国家生物信息中心
B.欧洲分子生物学实验室
C.日本DNA数据库
D.中国基因组研究中心

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本题答案：C
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174、问答题  在基因组序列分析方面，科学家关注哪些信息？

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本题答案：就人类基因组而言，编码区域在人类基因组所占的比例不超过
本题解析：试题答案就人类基因组而言，编码区域在人类基因组所占的比例不超过3%。其余97%是非编码序列。对于非编码序列，人们了解得比较少，尚不清楚其含义或功能。然而，非编码区域对于生命活动具有重要的意义。这部分序列主要包括内含子、简单重复序列、移动元件（mobileelement）及其遗留物、伪基因（pseudogene）等。

175、问答题  简述常用的引物设计软件的名称和各自特点。

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本题答案：首先是引物分析评论功能，该功能只有少数商业版软件能够做
本题解析：试题答案首先是引物分析评论功能，该功能只有少数商业版软件能够做到，其中以“Oligo6”最优秀；其次是引物的自动搜索功能，各种软件在这方面的侧重点不同，因此自动搜索的结果也不尽相同。自动搜索功能以“PremierPrimer”为最强且方便实用，“Oligo6”其次，其他软件如“VectorNTISuit”、“Dnasis”、“Omiga”和“Dnastar”都带有引物自动搜索功能，但搜索结果不是十分理想。要想得到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人工分析。

176、名词解释  heptad repeat

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本题答案：七肽重复区是典型的卷曲螺旋结构类型之一，由多个七肽单元
本题解析：试题答案七肽重复区是典型的卷曲螺旋结构类型之一，由多个七肽单元连接而成的重复序列。

177、单项选择题  隐马尔科夫模型的代号是（）。

A.HMM
B.CDD
C.HTGS
D.GSS

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

178、单项选择题  利用中国知网文献数据库（中国知网）查找论文题目是“黄瓜对不同温度逆境的抗性研究”作者的单位是（）。

A.天津市黄瓜研究所
B.中国农业科学院
C.中国科学院
D.中国农业大学

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

179、单项选择题  EMBL的含义是（）。

A.美国国家生物信息中心
B.欧洲分子生物学实验室
C.日本DNA数据库
D.中国国家基因组研究中心

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

180、单项选择题  基本局部比对搜素工具是（）。 来源:91 考试网

A.Mega
B.ClustalW
C.BLAST
D.GCG

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

181、问答题  简述邻接法（NJ）构树的算法思想。

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本题答案：邻接法的思想不仅仅计算最小两两比对距离，还对整个树的长
本题解析：试题答案邻接法的思想不仅仅计算最小两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制。这种算法由一棵星状树开始，所有的物种都从一个中心节点出发，然后通过计算最小分支长度的和相继寻找到近邻的两个序列，每一轮过程中考虑所有可能的序列对，把能使树的整个分支长度最小的序列对一组，从而产生新的距离矩阵，直到寻找所有的近邻序列。

182、问答题  如何查找由Rao Y 实验室于2005以后发表的，文章主题中与brain有关的文献，写出检索语言。

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本题答案：Brain[ti] AND RaoY[au] AND
本题解析：试题答案Brain[ti] AND RaoY[au] AND 2005:2013[dp]

183、问答题  引物设计的基本原则有哪些，有哪些基本参数要考虑，最常用的引物设计软件是什么？

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本题答案：引物设计的基本原则：引物与模板的序列要紧密互补；引物与
本题解析：试题答案引物设计的基本原则：引物与模板的序列要紧密互补；引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构；引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。有如下这些基本参数要考虑：引物长度，产物长度，序列Tm值，引物与模板形成双链的内部稳定性（用？G值反映），形成引物二聚体及发夹结构的能值，在错配位点的引发效率，引物及产物的GC含量，等等。最常用的引物设计软件是：Primer Premier.

184、问答题  什么是物种的标记序列？

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本题答案：指物种特有的一段核苷酸序列。可以通过相似性查询，得到某
本题解析：试题答案指物种特有的一段核苷酸序列。可以通过相似性查询，得到某一序列在数据库中的某一物种中反复出现，且在其他物种中没有的明显相似的序列。

185、填空题  提供蛋白质功能注释信息的数据库：（）（京都基因和基因组百科全书）和（）（蛋白质信息资源）

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本题答案：KEGG；PIR
本题解析：试题答案KEGG；PIR

186、问答题  先导化合物的来源有四种来源

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本题答案：1）通过偶然性观察发现的先导化合物（这个方法最著名的例
本题解析：试题答案1）通过偶然性观察发现的先导化合物（这个方法最著名的例子就是亚历山大.弗莱明发现的青霉素，今天所用的许多抗生素皆由其发展出来）
2）也可以通过替代疗法的药物开发中发现的药物副作用来识别先导化合物（例如，镇定剂氯化物丙嫀是在试验中发现用在抗组胺剂时被发现的）
3）先导化合物也可以来自传统医药学（如奎宁化合物就来自金鸡纳的树皮）
4）先导化合物也可以来自天然的底物或是配体（比如说，肾上腺素作为舒喘宁的类似物用来治疗哮喘）

187、问答题  序列比对分类有哪些？

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本题答案：A、双序列比对：两条序列的比对
B、多序列比
本题解析：试题答案A、双序列比对：两条序列的比对
B、多序列比对：三条或以上序列的比对

188、问答题  基因芯片对于生物分子信息检测的作用和意义？

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本题答案：在生命科学领域中，基因芯片为分子生物学、生物医学等研究
本题解析：试题答案在生命科学领域中，基因芯片为分子生物学、生物医学等研究提供了强有力的手段。利用基因芯片技术，可研究生命体系中不同部位、不同生长发育阶段的基因表达，比较不同个体或物种之间的基因表达，比较正常和疾病状态下基因及其表达的差异。基因芯片技术也有助于研究不同层次的多基因协同作用的生命过程，发现新的基因功能，研究生物体在进化、发育、遗传过程中的规律。

189、问答题  生物信息学研究意义？

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本题答案：（1）认识生物本质
了解生物分子信息的组织和
本题解析：试题答案（1）认识生物本质
了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系。
（2）改变生物学的研究方式
改变传统研究方式，引进现代信息学方法
（3）在医学上的重要意义
为疾病的诊断和治疗提供依据，为设计新药提供依据

190、名词解释  最大似然法（ML）

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本题答案：它对每个可能的进化位点分配一个概率，然后综合所有位点，找到概
本题解析：试题答案它对每个可能的进化位点分配一个概率，然后综合所有位点，找到概率最大的进化树。最大似然法允许采用不同的进化模型对变异进行分析评估，并在此基础上构建系统发育树。

191、名词解释  模块替换矩阵（BLUSUM）

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本题答案：在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中
本题解析：试题答案在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中观察到的替换的频率而获得的，每个矩阵被修改成一个特殊的进化距离。

192、问答题  如何判断起始密码子？内含子？

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本题答案：AUG甲硫氨酸（met）
内含子（5&rsq
本题解析：试题答案AUG甲硫氨酸（met）
内含子（5’-GT……AG-3’）

193、名词解释  EST

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本题答案：表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA克
本题解析：试题答案表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA部分序列，代表一个完整基因的一小部分

194、问答题  生物信息指哪些？

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本题答案：主要有从DNA序列、蛋白质序列、蛋白质结构和功能研究中
本题解析：试题答案主要有从DNA序列、蛋白质序列、蛋白质结构和功能研究中解读的：遗传信息、进化信息、结构和功能信息。

195、问答题  试述SWISS-PROT中的数据来源。

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本题答案：（1）从核酸数据库经过翻译推导而来；
（2）从蛋
本题解析：试题答案（1）从核酸数据库经过翻译推导而来；
（2）从蛋白质数据库PIR挑选出合适的数据；
（3）从科学文献中摘录；
（4）研究人员直接提交的蛋白质序列数据。

196、单项选择题  RGP是（）。

A.在线人类孟德尔遗传数据
B.国家核酸数据库
C.人类基因组计划
D.水稻基因组计划

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

197、多项选择题  下面序列哪些为反向重复序列（）

A.…GCACTTG…GCACTTG…
B.…GCACTTGCAAGTGC…；…CGTGAAC…CGTGAAC…；…CGTGAACGTTCACG…
C.…GCACTTG…CAAGTGC…
D.…GCACTAGCTAGCGG…；…CGTGAAC…GTTCACG…；…CGTGATCGATCGCC…

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本题答案：B, D
本题解析：暂无解析

198、问答题  生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向有哪几个方面。

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本题答案：生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向主要有：本题解析：试题答案生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向主要有：
①各种生物基因组测序及新基因的发现；
②单核苷酸多态性（SNP）分析；
③基因组非编码区信息结构与分析；
④比较基因组学和生物进化研究；
⑤蛋白质结构和功能的研究。

199、名词解释  非标度树

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本题答案：只表示亲缘关系无差异程度信息。
本题解析：试题答案只表示亲缘关系无差异程度信息。

200、问答题  预测基因的一般步骤是什么？

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本题答案：⑴获取DNA目标序列
⑵查找ORF并将目标序
本题解析：试题答案⑴获取DNA目标序列
⑵查找ORF并将目标序列翻译成蛋白质序列，利用相应工具查找ORF并将DNA序列翻译成蛋白质序列
⑶在数据库中进行序列搜索，利用BLAST进行ORF核苷酸序列和ORF翻译的蛋白质序列搜索
⑷进行目标序列与搜索得到的相似序列的全局对比
⑸查找基因家族进行多序列比对，获得比对区段的基因家族信息
⑹查找目标序列中的特定模序，分别在Prosite、BLOCK、Motif数据库中进行profile、模块（block）、模序（motif）检索⑺预测目标序列蛋白质结构，利用PredictProtein（EMBL）、NNPREDICT等预测目标序列的蛋白质二级结构。