1、单项选择题  利用中国知网文献数据库（中国知网）查找论文题目是“日光温室光温因子对黄瓜叶绿体超微结构及其功能的影响”发表的期刊是（）。

A.园艺学报
B.应用生态学报
C.生态学报
D.遗传学报

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

2、问答题  BLAST应用有哪些？

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本题答案：BLAST应用：
1.是序列分析的基础； 本题解析：试题 答案BLAST应用：
1.是序列分析的基础；
2.评价实验结果；
3.为实验提供新思路，并指导进一步实验设计；
4.是寻找和鉴定新基因的重要手段；
5.是蛋白质结构预测和分子设计的基础；
6.是研究生物进化和种属分类的基本方法。

3、问答题  什么是动态规划算法？

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本题答案：动态规划算法（Dynamic Programming
本题解析：试题答案动态规划算法（Dynamic Programming Algorithm）是一种计算方法，它的主要思路是把一个问题分成若干个小问题来解决，在序列比对尤其是双序列比对中非常重要，因为其提供了序列间最优的对位排列。在生物学中应用的两种动态规划算法：Needleman-Wunsch算法（全局比对）和Smith-Waterman算法（局部比对）。

4、名词解释  Ab initio prediction

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本题答案：蛋白质三级结构预测方法—从头预测法，在既没有已知结构的同源蛋
本题解析：试题答案蛋白质三级结构预测方法—从头预测法，在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，只能采用从头预测方法，即（直接）仅仅根据序列本身来预测其结构。

5、问答题  什么是序列比对？及其基本分类？

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本题答案：序列比对（Sequence Alignment）是通过
本题解析：试题答案序列比对（Sequence Alignment）是通过在序列中搜索一系列单个性状或性状模式来比较2个（双序列比对）或更多（多重序列比对）序列的方法。
序列比对的分类：
A、双序列比对：两条序列的比对。
B、多序列比对：三条或以上序列的比对

6、问答题  试述SWISS-PROT中的数据来源。

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本题答案：（1）从核酸数据库经过翻译推导而来；
（2）从蛋
本题解析：试题答案（1）从核酸数据库经过翻译推导而来；
（2）从蛋白质数据库PIR挑选出合适的数据；
（3）从科学文献中摘录；
（4）研究人员直接提交的蛋白质序列数据。

7、问答题  UniGene数据库主要收集什么样的数据？

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本题答案：UniGene数据库称得上是一个实验性质的系统，它通过
本题解析：试题答案UniGene数据库称得上是一个实验性质的系统，它通过程序自动将GenBank中的基因序列划分到某个非冗余的基于基因的集合中。这样，每个UniGene集合就代表了一个独特的基因，并包含了与这个基因相关的信息。

8、填空题  常用的三种序列格式：（）

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本题答案：NBRF/PIR，FASTA和GDE
本题解析：试题答案NBRF/PIR，FASTA和GDE

9、单项选择题  EST的含义是（）。

A.表达序列标签
B.序列标签位点
C.高通量基因组序列
D.人工合成序列

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

10、问答题  简述PCR引物设计的基本原则及其注意要点

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本题答案：原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免
本题解析：试题答案原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，再次引物不能再模板的非等位点引发DNA聚合反应（即错配）。
注意要点：
1、引物的长度一般为15-30bp，常用的是18-27bp，但不应大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，不适合于TaqDNA聚合酶进行反应。
2、引物序列在模板内应当没有相似性较高，尤其是3’端相似性较高的序列，否则容易导致错配。引物3’端出现3个以上的连续碱基，如GGG或CCC，也会使错误引发几率增加。
3、引物3’端的末位碱基对Taq酶的DNA合成效率有较大的影响。不同的末位碱基在错配位置导致不同的扩增效率，末位碱基为A的错配效率明显高于其他3个碱基，因此应当避免在引物的3’端使用碱基。另外，引物二聚体或发夹结构也可能导致PCR反应失败。5’端序列对PCR影响不太大，因此常用来引进修饰位点或标记物。
4、引物序列的GC含量一般为40-60%，过高或过低都不利于引发反应。上下游引物的GC含量不能相差太大。
5、引物所对应模板位置序列的Tm值在72℃左右可使复性条件最佳。Tm值的计算有很多种方法，如按公式Tm=4（G+C）+2（A+T），在Oligo软件中使用的是最邻近法（thenearestneighbormethod）。
6、G值是指DNA双链形成所需的自由能，该值反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性。应当选用3’端G值较低（绝对值不超过9），而在5’端和中间G值相对较高的引物。引物的3’端的G值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA聚合反应。
7、引物二聚体及发夹结构的能值过高（超过4.5kcal/mol）易导致产生引物二聚体带，并且降低引物有效浓度而使PCR反应不能正常进行。
8、对引物的修饰一般是在5’端增加酶切位点，应根据下一步实验中要插入PCR产物的载体的相应序列而确定。

11、单项选择题  利用PubMed文献数据查找论文“Cancer epigenetics: from mechanism to therapy”作者的单位是（）。

A.University of California
B.University of Columbia
C.University of Cambridge
D.University of Chicago

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

12、名词解释  权重矩阵

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本题答案：基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。
本题解析：试题答案基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。

13、名词解释  gene tree

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本题答案：基因树，表示一组基因或一组DNA顺序进化关系的系统发生
本题解析：试题答案基因树，表示一组基因或一组DNA顺序进化关系的系统发生树。

14、单项选择题  GenBank登录号为SCU49845的序列，其DNA产度是（）。

A.1028bp
B.3028bp
C.4028bp
D.5028bp

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

15、单项选择题  SAGE的含义是（）。

A.基因表达连续分析
B.聚丙烯酰胺凝胶电泳
C.基因组分析
D.双向电泳分析

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

16、名词解释  非标度树

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本题答案：只表示亲缘关系无差异程度信息。
本题解析：试题答案只表示亲缘关系无差异程度信息。

17、名词解释  PSI-BLAST

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本题答案：位点特异性迭代比对。是一种专门化的的比对，通过调节序列打分矩
本题解析：试题答案位点特异性迭代比对。是一种专门化的的比对，通过调节序列打分矩阵（scoringmatrix）探测远缘相关的蛋白。

18、问答题  什么是序列比对中使用的PAM矩阵和BLOSUM矩阵，它们的作用是什么，一般BLAST选择使用的矩阵是什么

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本题答案：PAM矩阵和BLOSUM矩阵都是用于序列相似性的记分矩
本题解析：试题答案PAM矩阵和BLOSUM矩阵都是用于序列相似性的记分矩阵（scoring matrix）。记分矩阵中含有对齐时具体使用的数值。一般FASTA和BLAST都提供BLOSUM或PAM系列矩阵供选择，若要进行突变性质的进化分析时可以使用PAM，FASTA缺省推荐BLOSUM50矩阵。
PAM矩阵（Point Accepted Mutation）基于进化的点突变模型，如果两种氨基酸替换频繁，说明自然界接受这种替换，那么这对氨基酸替换得分就高。一个PAM就是一个进化的变异单位, 即1%的氨基酸改变，但这并不意味100次PAM后，每个氨基酸都发生变化，因为其中一些位置可能会经过多次突变，甚至可能会变回到原来的氨基酸。
模块替换矩阵BLOSUM(BLOcks Substitution Matrix)首先寻找氨基酸模式，即有意义的一段氨基酸片断（如一个结构域及其相邻的两小段氨基酸序列），分别比较相同的氨基酸模式之间氨基酸的保守性（某种氨基酸对另一种氨基酸的取代数据），然后，以所有 60％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM60；以所有80％保守性的氨基酸模式之间的比较数据为根据，产生BLOSUM80。

19、问答题  人类基因组计划与生物信息学有什么关系？

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本题答案：人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数
本题解析：试题答案人类基因组计划的实施，促进了测序技术的迅猛发展，从而使实验数据和可利用信息急剧增加，信息的管理和分析成为基因组计划的一项重要的工作。而这些数据信息的管理、分析、解释和使用促使了生物信息学的产生和迅速发展。

20、填空题  分子途径最广泛数据库：（）

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本题答案：KEGG
本题解析：试题答案KEGG

21、问答题  简述人类基因组研究计划的历程。

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本题答案：通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投
本题解析：试题答案通过国际合作，用15年时间（1990-2005）至少投入30亿美元，构建详细的人类基因组遗传图和物理图，确定人类DNA的全部核苷酸序列，定位约10万基因，并对其他生物进行类似研究。
1990，人类基因组计划正式启动。
1996，完成人类基因组计划的遗传作图，启动模式生物基因组计划。
1998完成人类基因组计划的物理作图，开始人类基因组的大规模测序。Celera公司加入，与公共领域竞争启动水稻基因组计划。
1999，第五届国际公共领域人类基因组测序会议，加快测序速度。
2000，Celera公司宣布完成果蝇基因组测序，国际公共领域宣布完成第一个植物基因组——拟南芥全基因组的测序工作。
2001，人类基因组“中国卷”的绘制工作宣告完成。
2003，中、美、日、德、法、英等6国科学家宣布人类基因组序列图绘制成功，人类基因组计划的.目标全部实现。
2004，人类基因组完成图公布

22、问答题  NCBI维护的核苷酸数据库由哪几部分组成的，其主要的内容是什么？

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本题答案：由三部分组成：表达序列标签序列、基因组测序序列、核心核
本题解析：试题答案由三部分组成：表达序列标签序列、基因组测序序列、核心核苷酸序列。

23、名词解释  MMDB(Molecular Modeling Database)

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本题答案：是（NCBI）所开发的生物信息数据库集成系统Entre
本题解析：试题答案是（NCBI）所开发的生物信息数据库集成系统Entrez的一个部分，数据库的内容包括来自于实验的生物大分子结构数据。与PDB相比，对于数据库中的每一个生物大分子结构，MMDB具有许多附加的信息，如分子的生物学功能、产生功能的机制、分子的进化历史等，还提供生物大分子三维结构模型显示、结构分析和结构比较工具。

24、名词解释  SCOP数据库

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本题答案：提供关于已知结构的蛋白质之间结构和进化关系的详细描述，
本题解析：试题答案提供关于已知结构的蛋白质之间结构和进化关系的详细描述，包括蛋白质结构数据库PDB中的所有条目。SCOP数据库除了提供蛋白质结构和进化关系信息外，对于每一个蛋白质还包括下述信息：到PDB的连接，序列，参考文献，结构的图像等。可以按结构和进化关系对蛋白质分类，分类结果是一个具有层次结构的树，其主要的层次依次是类（class）、折叠子（fold）、超家族（superfamily）、家族（family）、单个PDB蛋白结构记录。

25、名词解释  分子途径

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本题答案：是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。
本题解析：试题答案是指一组连续起作用以达到共同目标的蛋白质。

26、问答题  你认为生物信息学有什么用？对你的生活、研究有影响吗？

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本题答案：（1）主要用于：
在基因组分析方面：生物序列相似
本题解析：试题答案（1）主要用于：
在基因组分析方面：生物序列相似性比较及其数据库搜索、基因预测、基因组进化和分子进化、蛋白质结构预测等
在医药方面：新药物设计、基因芯片疾病快速诊断、流行病学研究：SARS、人类基因组计划、基因组计划：基因芯片。
（2）指导研究和实验方案，减少操作性实验的量；验证实验结果；为实验结果提供更多的支持数据等材料。

27、名词解释  无根树（unrooted tree）

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本题答案：只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引用外群
本题解析：试题答案只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引用外群或外部参照物种，可以在无根树中指派跟节点。（一种系统发育树，所有在树中的种系的最后共同祖先不显示。）

28、填空题  系统发育学的研究方法有：（）

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本题答案：表现型分类法，遗传分类法和进化分类法
本题解析：试题答案表现型分类法，遗传分类法和进化分类法

29、单项选择题  NCBI中人类无冗余基因数据库是（）。

A.UniGene
B.UniPro
C.UniRef
D.URF

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

30、名词解释  进化树的二歧分叉结构

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本题答案：指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两
本题解析：试题答案指在进化树上任何一个分支节点，一个父分支都只能被分成两个子分支。

31、单项选择题  隐马尔科夫模型的代号是（）。

A.HMM
B.CDD
C.HTGS
D.GSS

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

32、名词解释  基因预测（geneprediction）

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本题答案：用计算机程序对可能的基因所做的预测，它是基于DNA片段
本题解析：试题答案用计算机程序对可能的基因所做的预测，它是基于DNA片段与已知基因序列的匹配程度的。

33、名词解释  motif

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本题答案：又称模体，实序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有
本题解析：试题答案又称模体，实序列中局部的保守区域，或者是一组序列中共有的一小段序列模式。通常由2、3个二级结构单位组成，一般为α螺旋、β折叠和环。motif作为结构域中的亚单位，表现结构域的各种生物学功能。

34、问答题  简述在蛋白质三级结构预测中同源建模法的步骤。

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本题答案：（1）搜索与目标蛋白序列相似的模板蛋白
（2
本题解析：试题答案（1）搜索与目标蛋白序列相似的模板蛋白
（2）目标序列与模板序列比对
（3）建立骨架（将模板结构叠加起来，找结构保守区域）
（4）构建目标蛋白质的侧链
（5）构建目标蛋白质的环区（从已知的环区构象中选出一最优的构象）
（6）优化模型（找出结构中异常的构象）

35、问答题  分子途径和网络的特点

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本题答案：1）分子途径和网络的结构随意性大。图可以很简单，也可以
本题解析：试题答案1）分子途径和网络的结构随意性大。图可以很简单，也可以非常复杂。它们可能包含了多个分支，盘绕的连接和回路。
2）它们通常也显示出节点间关系的方向，例如表示出代谢通路或信号传导的方向。调控途径和网络的图也应该说明相互作用是正的还是负的。正的相互作用（促进或者活化作用）常常用箭头表示，而负的交互效应（抑制或者失活作用）常常用T型棒表示。

36、问答题  DNA双螺旋结构模型的意义

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本题答案：（1）为合理解释遗传物质的各种功能、解释生物的遗传和变
本题解析：试题答案（1）为合理解释遗传物质的各种功能、解释生物的遗传和变异、揭示自然界色彩纷纭的生命现象奠定了理论基础；
（2）揭示了生命世界多样性和生命本质的一致性的辨正统一；
（3）现代生命科学的里程碑。

37、名词解释  简约信息位点

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本题答案：指基于DNA或蛋白质序列，利用最大简约法构建系统发育树
本题解析：试题答案指基于DNA或蛋白质序列，利用最大简约法构建系统发育树时，如果每个位点的状态至少存在两种，每种状态至少出现两次的位点。其它位点为都是非简约性信息位点。

38、填空题  常用的序列搜索方法：（）和（）

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本题答案：FASTA；BLAST
本题解析：试题答案FASTA；BLAST

39、单项选择题  domain的含义是（）。

A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

40、名词解释  FASTA

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本题答案：是第一个被广泛使用的数据库相似性搜索算法，这个程序通过
本题解析：试题答案是第一个被广泛使用的数据库相似性搜索算法，这个程序通过扫描序列中“词”的小配对，从而寻找最优局部比对

41、单项选择题  被誉为“生物信息学之父”的科学家是（）。

A.Dulbecco
B.Sanger
C.吴瑞
D.林华安

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

42、名词解释  PAM矩阵

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本题答案：PAM指可接受突变百分率。一个氨基酸在进化中变成另一种
本题解析：试题答案PAM指可接受突变百分率。一个氨基酸在进化中变成另一种氨基酸的可能性，通过这种可能性可以鉴定蛋白质之间的相似性，并产生蛋白质之间的比对。一个PAM单位是蛋白质序列平均发生1%的替代量需要的进化时间。

43、单项选择题  基本局部比对搜素工具是（）。

A.Mega
B.ClustalW
C.BLAST
D.GCG

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

44、填空题  测试基因预测程序正确预测基因的能力的项目是（）（基因预测评估项目）

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本题答案：GASP
本题解析：试题答案GASP

45、名词解释  ORF

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本题答案：核酸序列的开放阅读框，一个ORF就是一个潜在的蛋白质编
本题解析：试题答案核酸序列的开放阅读框，一个ORF就是一个潜在的蛋白质编码区。

46、问答题  引物设计的基本原则有哪些，有哪些基本参数要考虑，最常用的引物设计软件是什么？

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本题答案：引物设计的基本原则：引物与模板的序列要紧密互补；引物与
本题解析：试题答案引物设计的基本原则：引物与模板的序列要紧密互补；引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构；引物不能在模板的非目的位点引发DNA聚合反应（即错配）。有如下这些基本参数要考虑：引物长度，产物长度，序列Tm值，引物与模板形成双链的内部稳定性（用？G值反映），形成引物二聚体及发夹结构的能值，在错配位点的引发效率，引物及产物的GC含量，等等。最常用的引物设计软件是：Primer Premier.

47、填空题  目前由NCBI维护的大型文献资源是（）

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本题答案：PubMed
本题解析：试题答案PubMed

48、名词解释  分子钟

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本题答案：认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通
本题解析：试题答案认为分子进化速率是恒定的或者几乎恒定的假说，从而可以通过分子进化推断出物种起源的时间。

49、名词解释  多序列比对

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本题答案：通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一
本题解析：试题答案通过序列的相似性检索得到许多相似性序列，将这些序列做一个总体的比对，以观察它们在结构上的异同，来回答大量的生物学问题。

50、问答题  我国自主知识产权的主要基因组测序计划有哪些？

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本题答案：水稻（2002），家鸡（2004），家蚕（2007），
本题解析：试题答案水稻（2002），家鸡（2004），家蚕（2007），家猪（2012），大熊猫（2010）

51、名词解释  空位罚分

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本题答案：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中
本题解析：试题答案空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。

52、问答题  如何判断起始密码子？内含子？

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本题答案：AUG甲硫氨酸（met）
内含子（5&rsq
本题解析：试题答案AUG甲硫氨酸（met）
内含子（5’-GT……AG-3’）

53、单项选择题  ORF的含义是（）。

A.调控区
B.非编码区
C.低复杂度区域
D.开放阅读框

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

54、单项选择题  Blast结果中HSP的含义是（）。

A.空位
B.期望值
C.过滤
D.高分配对片段

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

55、名词解释  马尔可夫链

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本题答案：具有马尔可夫特性的离散状态随机过程。
本题解析：试题答案具有马尔可夫特性的离散状态随机过程。

56、名词解释  PROSITE

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本题答案：是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、
本题解析：试题答案是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等；PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征，能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。

57、问答题  序列比对分类有哪些？

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本题答案：A、双序列比对：两条序列的比对
B、多序列比
本题解析：试题答案A、双序列比对：两条序列的比对
B、多序列比对：三条或以上序列的比对

58、问答题  国际上权威的核酸序列数据库有那些？

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本题答案：（1）欧洲分子生物学实验室的EMBL。
（2
本题解析：试题答案（1）欧洲分子生物学实验室的EMBL。
（2）美国生物技术信息中心的GenBank。
（3）日本遗传研究所的DDBJ。

59、填空题  高分值局部联配的BLAST参数是（）（高分值片段对），（）（期望值）

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本题答案：HSPs；E
本题解析：试题答案HSPs；E

60、名词解释  系统生物学（systems biology）

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本题答案：是研究一个生物系统中所有组分成分（基因、mRNA、蛋白
本题解析：试题答案是研究一个生物系统中所有组分成分（基因、mRNA、蛋白质等）的构成以及在特定条件下这些组分间的相互关系，并分析生物系统在一定时间内的动力学过程

61、单项选择题  根据大量EST具有相互重叠的性质，通过计算机算法获得cDNA全长序列，这种克隆基因的方法是（）。

A.重叠克隆
B.电子克隆
C.基因步移
D.基因重组

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

62、名词解释  相似性

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本题答案：是可以量化的参数，是一种直接的数量关系，是量的判断，可
本题解析：试题答案是可以量化的参数，是一种直接的数量关系，是量的判断，可多可少，如百分之几。

63、问答题  试述SCOP蛋白质分类方案

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本题答案：SCOP将PDB数据库中的蛋白质按传统分类方法分成α型、β型
本题解析：试题答案SCOP将PDB数据库中的蛋白质按传统分类方法分成α型、β型、α/β型、α+β型，并将多结构域蛋白、膜蛋白和细胞表面蛋白、N蛋白单独分类，一共分成7种类型，并在此基础上，按折叠类型、超家族、家族三个层次逐级分类。对于具有不同种属来源的同源蛋白家族，SCOP数据库按照种属名称将它们分成若干子类，一直到蛋白质分子的亚基。

64、名词解释  空位（gap）

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本题答案：在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点
本题解析：试题答案在序列比对时，由于序列长度不同，需要插入一个或几个位点以取得最佳比对结果，这样在其中一序列上产生中断现象，这些中断的位点称为空位。

65、问答题  生物信息学研究意义？

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本题答案：（1）认识生物本质
了解生物分子信息的组织和
本题解析：试题答案（1）认识生物本质
了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系。
（2）改变生物学的研究方式
改变传统研究方式，引进现代信息学方法
（3）在医学上的重要意义
为疾病的诊断和治疗提供依据，为设计新药提供依据

66、单项选择题  利用PubMed文献数据查找论文“Transgenic plants of Petunia hybrida harboring the CYP2E1 gene efficiently remove benzene and toluene pollutants and improve resistance to formaldehyde”的第一作者是（）。

A.XiangT
B.BaoL
C.LiP
D.ZhangD

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

67、名词解释  直系同源（Orthologous）

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本题答案：指不同种类的同源序列，他们是在物种的形成事件中从一个祖
本题解析：试题答案指不同种类的同源序列，他们是在物种的形成事件中从一个祖先序列独立进化而成的，可能有相似功能，也可能没有。

68、问答题  先导化合物的来源有四种来源

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本题答案：1）通过偶然性观察发现的先导化合物（这个方法最著名的例
本题解析：试题答案1）通过偶然性观察发现的先导化合物（这个方法最著名的例子就是亚历山大.弗莱明发现的青霉素，今天所用的许多抗生素皆由其发展出来）
2）也可以通过替代疗法的药物开发中发现的药物副作用来识别先导化合物（例如，镇定剂氯化物丙嫀是在试验中发现用在抗组胺剂时被发现的）
3）先导化合物也可以来自传统医药学（如奎宁化合物就来自金鸡纳的树皮）
4）先导化合物也可以来自天然的底物或是配体（比如说，肾上腺素作为舒喘宁的类似物用来治疗哮喘）

69、名词解释  coiled coil

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本题答案：卷曲螺旋，是蛋白质中由2~7条α螺旋链相互
本题解析：试题答案卷曲螺旋，是蛋白质中由2~7条α螺旋链相互缠绕形成类似麻花状结构的总称。卷曲螺旋是控制蛋白质寡聚化的元件，在机体内执行着分子识别、代谢调控、细胞分化、肌肉收缩、膜通道等生物学功能。

70、名词解释  EST

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本题答案：表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA克
本题解析：试题答案表达序列标签—是从一个随机选择的cDNA克隆，进行5’端和3’端单一次测序挑选出来获得的短的cDNA部分序列，代表一个完整基因的一小部分

71、问答题  基因芯片对于生物分子信息检测的作用和意义？

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本题答案：在生命科学领域中，基因芯片为分子生物学、生物医学等研究
本题解析：试题答案在生命科学领域中，基因芯片为分子生物学、生物医学等研究提供了强有力的手段。利用基因芯片技术，可研究生命体系中不同部位、不同生长发育阶段的基因表达，比较不同个体或物种之间的基因表达，比较正常和疾病状态下基因及其表达的差异。基因芯片技术也有助于研究不同层次的多基因协同作用的生命过程，发现新的基因功能，研究生物体在进化、发育、遗传过程中的规律。

72、名词解释  homology modeling

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本题答案：是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法，它的前提是已
本题解析：试题答案是目前最为成功且实用的蛋白质结构预测方法，它的前提是已知一个或多个同源蛋白质的结构。当两个蛋白质的序列同源性高于35%，一般情况下认为他们的三维结构基本相同。

73、名词解释  分子进化树（molecular evolutionary tree）

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本题答案：在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形
本题解析：试题答案在研究生物进化和系统分类中，常用一种类似树状分支的图形来概括各种（类）生物之间的亲缘关系，这种树状分支的图形成为系统发育树（phylogenetictree）。

74、名词解释  EMBL

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本题答案：EMBL实验室—欧洲分子生物学实验室，EM
本题解析：试题答案EMBL实验室—欧洲分子生物学实验室，EMBL数据库—是非盈利性学术组织EMBL建立的综合性数据库，EMBL核酸数据库是欧洲最重要的核酸序列数据库，它定期地与美国的GenBank、日本的DDBJ数据库中的数据进行交换，并同步更新。

75、名词解释  最大简约法（MP）

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本题答案：在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或
本题解析：试题答案在一系列能够解释序列差异的的进化树中找到具有最少核酸或氨基酸替换的进化树。

76、问答题  在基因组序列分析方面，科学家关注哪些信息？

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本题答案：就人类基因组而言，编码区域在人类基因组所占的比例不超过
本题解析：试题答案就人类基因组而言，编码区域在人类基因组所占的比例不超过3%。其余97%是非编码序列。对于非编码序列，人们了解得比较少，尚不清楚其含义或功能。然而，非编码区域对于生命活动具有重要的意义。这部分序列主要包括内含子、简单重复序列、移动元件（mobileelement）及其遗留物、伪基因（pseudogene）等。

77、单项选择题  mRNA5′端有（）结构。

A.帽子
B.尾巴
C.帽子和尾巴
D.多聚核苷酸

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

78、问答题  简述最大简约法（MP）的算法思想。

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本题答案：是一种基于离散特征的进化树算法。生物演化应该遵循简约性
本题解析：试题答案是一种基于离散特征的进化树算法。生物演化应该遵循简约性原则，所需变异次数最少（演化步数最少）的演化树可能为最符合自然情况的系统树。在具体的操作中，分为非加权最大简约分析（或称为同等加权）和加权最大简约分析，后者是根据性状本身的演化规律（比如DNA不同位点进化速率不同）而对其进行不同的加权处理。

79、名词解释  structure domain

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本题答案：结构域，是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可
本题解析：试题答案结构域，是在蛋白质三级结构中介于二级和三级结构之间的可以明显区分但又相对独立的折叠单元，每个结构域自身形成紧实的三维结构，可以独立存在或折叠，但结构域与结构域之间关系较为松散。

80、单项选择题  DDBJ的含义是（）。

A.美国国家生物信息中心
B.欧洲分子生物学实验室
C.日本DNA数据库
D.中国基因组研究中心

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

81、名词解释  HGP(human genome project)

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本题答案：人类基因组计划，1990年由美国能源部（DOE）和国立
本题解析：试题答案人类基因组计划，1990年由美国能源部（DOE）和国立健康研究院（NIH）资助的一个研究计划。
目的是：
①鉴定出人类的所有基因；
②确定构成人类基因组的约30亿个碱基对的序列；
③将上述信息储存于专门的数据库中，并开发出相应的分析工具；
④研究由此而产生的伦理、法律和社会问题并提出相应对策。

82、多项选择题  人类基因组计划要完成的几张图谱分别是（）

A.物理图谱
B.遗传图谱
C.序列图谱
D.生物图谱
E.基因图谱

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本题答案：A, B, C, E
本题解析：暂无解析

83、名词解释  标度树（scaled tree）

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本题答案：分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。
本题解析：试题答案分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。

84、单项选择题  多序列比对工具是（）。

A.BLAST
B.ClustalW
C.Mega
D.GCG

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

85、名词解释  序列的比对

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本题答案：是一种关于序列相似性的定性描述：在什么区域相似，在什么
本题解析：试题答案是一种关于序列相似性的定性描述：在什么区域相似，在什么区域存在差别。最优比对：揭示两条序列的最大相似程度。（又叫序列联配，其意义在于从核酸、氨基酸的层次分析序列的相似性，推测其结构功能及进化上的联系，是基因识别、分子进化、生命起源研究的基础。

86、名词解释  Clustsl X

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本题答案：是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本，
本题解析：试题答案是CLUSTAL多重序列比对程序的Windows版本，是用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的程序，也可以对来自不同物种的功能或结构相似的序列进行比对和聚类，通过重建系统发生树判断亲缘关系，并对序列在生物进化过程中的保守性进行估计。

87、名词解释  一致树（consensus tree）

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本题答案：在同一算法中产生多个最优树，合并这些最优树得到的树即一
本题解析：试题答案在同一算法中产生多个最优树，合并这些最优树得到的树即一致树。

88、问答题  简述最大似然法（ML）的算法思想。

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本题答案：是一种基于离散特征的进化树算法。该法首先选择一个合适的进化模
本题解析：试题答案是一种基于离散特征的进化树算法。该法首先选择一个合适的进化模型，然后对所有可能的进化树进行评估，通过对每个进化位点的替代分配一个概率，最后找出概率最大的进化树。

89、多项选择题  真核基因组特点包括（）

A.基因组大，巨大的非编码序列，重复序列占了绝大部分
B.基因结构复杂，无显著长度的开放阅读框
C.存在可变剪接
D.CpG岛
E.等值区

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本题答案：A, B, C, D, E
本题解析：暂无解析

90、问答题  简要介绍FASTA序列格式

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本题答案：FASTA格式，又叫Pearson格式，是最简单的，使
本题解析：试题答案FASTA格式，又叫Pearson格式，是最简单的，使用最多的格式。它的基本形式分为三个部分：
⑴第一行：大于号（﹥）表示一个新的序列文件的开始，为标记符。后面可以加上文字说明，gi号，GenBank检索号，LOCUS名称等信息。
⑵第二行：序列本身，为DNA的标准符号，通常大小写均可。
⑶结束：无特殊标志，但建议多留一个空行，以便将序列和其他内容区分开。

91、名词解释  折叠子（Fold）

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本题答案：在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大
本题解析：试题答案在两个或更多的蛋白质中具有相似二级结构的大区域，这些大区域具有特定的空间取向。

92、问答题  生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向有哪几个方面。

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本题答案：生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向主要有：本题解析：试题答案生物信息学步入后基因组时代后，其发展方向主要有：
①各种生物基因组测序及新基因的发现；
②单核苷酸多态性（SNP）分析；
③基因组非编码区信息结构与分析；
④比较基因组学和生物进化研究；
⑤蛋白质结构和功能的研究。

93、填空题  2-DE的基本原理是根据蛋白质（）和（）不同，进行两次电泳将之分离。第一向是（），第二向是（）。

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本题答案：等电点；分子量；等电聚焦分离；SDS-PAGE分离
本题解析：试题答案等电点；分子量；等电聚焦分离；SDS-PAGE分离

94、单项选择题  algorithm的含义是（）。

A.登录号
B.算法
C.比对
D.类推

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

95、问答题  简述除权配对法（UPGMA）的算法思想。

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本题答案：通过两两比对聚类的方法进行，在开始时，每个序列分为一类
本题解析：试题答案通过两两比对聚类的方法进行，在开始时，每个序列分为一类，分别作为一个树枝的生长点，然后将最近的两序列合并，从而定义出一个节点，将这个过程不断的重复，直到所有的序列都被加入，最后得到一棵进化树。

96、名词解释  模体（motif）

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本题答案：短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，
本题解析：试题答案短的保守的多肽段，含有相同模体的蛋白质不一定是同源的，一般10-20个残基。

97、名词解释  GenBank

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本题答案：是美国全国卫生研究所维护的基因序列数据库，汇集并注释了
本题解析：试题答案是美国全国卫生研究所维护的基因序列数据库，汇集并注释了所有公开的核酸序列，与日本的DNA数据库DDBJ以及欧洲分子实验室核酸序列数据库EMBL一起，都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。

98、问答题  生物分子数据类型有哪些？

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本题答案：DNA序列数据、蛋白质序列数据、生物分子结构数据、生物分子功
本题解析：试题答案DNA序列数据、蛋白质序列数据、生物分子结构数据、生物分子功能数据

99、名词解释  生物信息学

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本题答案：研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以
本题解析：试题答案研究大量生物数据复杂关系的学科，其特征是多学科交叉，以互联网为媒介，数据库为载体。利用数学知识建立各种数学模型；利用计算机为工具对实验所得大量生物学数据进行储存、检索、处理及分析，并以生物学知识对结果进行解释。

100、名词解释  近邻

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本题答案：任意一颗无根树中仅被一个内部节点分隔的一对物种。
本题解析：试题答案任意一颗无根树中仅被一个内部节点分隔的一对物种。

101、名词解释  顺式调控元件

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本题答案：位于起始点上游（基因5‘端）控制转录的DN
本题解析：试题答案位于起始点上游（基因5‘端）控制转录的DNA序列，靠近它所调控的编码序列；其结构是模块化的，即DNA序列能被分成各个单元。

102、单项选择题  UTR的含义是（）。

A.编码区
B.非编码区
C.低复杂度区域
D.开放阅读框

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

103、名词解释  MEGA(Molecular Evolutionary Genetics Analysis)

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本题答案：是一款免费的构树软件，它提供了序列比对、格式转换、数据
本题解析：试题答案是一款免费的构树软件，它提供了序列比对、格式转换、数据修订、距离计算、系统树重建和可信度评估等全套功能，能对DNA、mRNA氨基酸序列及遗传距离进行系统发生分析以及基因分化年代的分析。

104、填空题  常用系统发育分析软件：（）

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本题答案：PHYLIP
本题解析：试题答案PHYLIP

105、问答题  什么事件大大促进了生物信息学的发展？

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本题答案：20世纪90年代后
HGP促进生物信息学的迅
本题解析：试题答案20世纪90年代后
HGP促进生物信息学的迅速发展

106、问答题  生物信息学研究有什么意义？

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本题答案：（1）认识生物本质，了解生物分子信息的组织和结构，破译
本题解析：试题答案（1）认识生物本质，了解生物分子信息的组织和结构，破译基因组信息，阐明生物信息之间的关系
（2）改变生物学的研究方式
（3）改变传统研究方式，引进现代信息学方法
（4）在医学上的重要意义
为疾病的诊断和治疗提供依据
为设计新药提供依据

107、问答题  如何用BLAST发现新基因？

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本题答案：从一个一直蛋白质序列开始，通过tBLASTn工具搜索一个DN
本题解析：试题答案从一个一 直蛋白质序列开始，通过tBLASTn工具搜索一个DNA数据库，可以找到相应的匹配，如与DNA编码的已知蛋白质的匹配或者与DNA编码的相关蛋白质的匹配。然后通过BLASTx或BLASTp在蛋白质数据库中搜索DNA或蛋白质序列来“确定”一个新基因。

108、填空题  用于蛋白质二级结构预测的基本神经网络模型为三层的前馈网络，包括（）

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本题答案：输入层，隐含层和输出层
本题解析：试题答案输入层，隐含层和输出层

109、名词解释  系统发育分析

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本题答案：通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可
本题解析：试题答案通过一组相关的基因或者蛋白质的多序列比对或其他性状，可以研究推断不同物种或基因之间的进化关系。

110、名词解释  模块替换矩阵（BLUSUM）

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本题答案：在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中
本题解析：试题答案在替换矩阵中，每个位置的打分是在相关蛋白局部比对模块中观察到的替换的频率而获得的，每个矩阵被修改成一个特殊的进化距离。

111、名词解释  SRS(sequence retrieva l system)

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本题答案：序列查询系统，是EBI提供的多数据库查询工具之一。有与Ent
本题解析：试题答案序列查询系统，是EBI提供的多数据库查询工具之一。有与Entrez类似的功能外，还提供了一系列的序列分析工具，可以直接进行在线序列分析处理。

112、问答题  假设你得到一段未知蛋白氨基酸序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未知蛋白质的功能和家族类别以及其结构预测.

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本题答案：1、用该序列进行BLASTP搜索。
2、再对
本题解析：试题答案1、用该序列进行BLASTP搜索。
2、再对其进行蛋白质结构域、功能域的搜索，可以用Znterproscan、Pfam，并对其进行结构分析。
3、再用ClustW进行多序列比对。
4、用人工神经网络的方法对其结构进行结构预测

113、多项选择题  RFLP是DNA多态性中最多见的一种，它产生的机制包括（）

A.DNA分子产生突变，使某些酶切位点数增加
B.DNA分子产生突变，使某些酶切位点数减少
C.限制性酶切位点之间重复序列数目变异
D.限制性酶星活性
E.限制性酶切位点前后的DNA片断发生插入或删除

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本题答案：A, B, E
本题解析：暂无解析

114、名词解释  序列注释

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本题答案：是指从原始序列数据中获得有用的生物学信息。这主要是指基
本题解析：试题答案是指从原始序列数据中获得有用的生物学信息。这主要是指基因组DNA中寻找基因和其他功能元件（结构注释），并给出这些序列的功能（功能注释）。

115、名词解释  BLASTp

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本题答案：是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列
本题解析：试题答案是蛋白序列到蛋白库中的一种查询。库中存在的每条已知序列将逐一地同每条所查序列作一对一的序列比对。

116、问答题  简述常用的引物设计软件的名称和各自特点。

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本题答案：首先是引物分析评论功能，该功能只有少数商业版软件能够做
本题解析：试题答案首先是引物分析评论功能，该功能只有少数商业版软件能够做到，其中以“Oligo6”最优秀；其次是引物的自动搜索功能，各种软件在这方面的侧重点不同，因此自动搜索的结果也不尽相同。自动搜索功能以“PremierPrimer”为最强且方便实用，“Oligo6”其次，其他软件如“VectorNTISuit”、“Dnasis”、“Omiga”和“Dnastar”都带有引物自动搜索功能，但搜索结果不是十分理想。要想得到效果很好的引物，在自动搜索的基础上还要辅以人工分析。

117、名词解释  miRNA

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本题答案：是一类小的非编码单链RNA，由19~25个核苷酸构成，
本题解析：试题答案是一类小的非编码单链RNA，由19~25个核苷酸构成，广泛存在于动植物中，调节着基因表达。

118、名词解释  超家族

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本题答案：进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。
本题解析：试题答案进化上相关，功能可能不同的一类蛋白质。

119、填空题  识别基因主要有两个途径即（）和（）。

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本题答案：基因组DNA外显子识别；基于EST策略的基因鉴定
本题解析：试题答案基因组DNA外显子识别；基于EST策略的基因鉴定

120、单项选择题  DNA中Tm值与（）含量成正比。

A.G+A
B.G+C
C.T+C
D.A+T

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

121、单项选择题  Proteomics的含义是（）。

A.生物信息学
B.基因组学
C.蛋白质组学
D.表观遗传学

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

122、填空题  检测系统发育树可靠性的技术：（）和（）

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本题答案：bootstrapping；Jack-knifing
本题解析：试题答案bootstrapping；Jack-knifing

123、单项选择题  目前应用于基因芯片表达数据统计分析的主要方法是（）。

A.卡方检验
B.相关分析
C.聚类分析
D.正态性分布检验

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

124、名词解释  BioPerl

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本题答案：是Perl语言专门用于生物信息学、基因组学及其他生命科
本题解析：试题答案是Perl语言专门用于生物信息学、基因组学及其他生命科学领域的工具与函数模块集。

125、问答题  HGP选择作为研究人类的四大“模式生物“有哪些？

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本题答案：酵母、线虫、果蝇、小鼠。
本题解析：试题答案酵母、线虫、果蝇、小鼠。

126、单项选择题  利用中国知网文献数据库（中国知网）查找论文题目是“黄瓜无毛突变体叶片叶绿体超微结构与光合特性”第一作者是（）。

A.曹辰兴
B.张松
C.郭红芸
D.郭延奎

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

127、问答题  生物信息学主要研究内容。

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本题答案：（1）生物分子数据的收集与管理；
（2）数据库搜
本题解析：试题答案（1）生物分子数据的收集与管理；
（2）数据库搜索及序列比较；
（3）基因组序列分析；
（4）基因表达数据的分析与处理；
（5）蛋白质结构预测。

128、名词解释  权重矩阵（序列轮廓）

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本题答案：它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都
本题解析：试题答案它们表示完全结构域序列，多序列联配中每个位点的氨基酸都有分值，并且特定位置插入或缺失的可能性均有一定的衡量方法（课件定义）。基础上针对特定的应用目标而建立的数据库。

129、名词解释  序列表谱（profile）

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本题答案：是一种特殊位点或模体序列，在多序列比较的基础上，氨基酸
本题解析：试题答案是一种特殊位点或模体序列，在多序列比较的基础上，氨基酸的权值和空位罚分的表格。

130、名词解释&n来源:91考试网 91EXAm.orgbsp; 表达序列标签（EST）

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本题答案：一种短的DNA片段，是cDNA分子的一部分，可用来鉴定基因，
本题解析：试题答案一种短的DNA片段，是cDNA分子的一部分，可用来鉴定基因，通常用于基因定位和基因图谱中。

131、单项选择题  构建系统发生树，应使用（）。

A.BLAST
B.FASTA
C.UPGMA
D.FTP

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

132、名词解释  PIR

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本题答案：是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，
本题解析：试题答案是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组蛋白质研究

133、问答题  什么简约信息位点Pi？

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本题答案：指基于DNA或蛋白质序列，应用最大简约法构建系统发育树
本题解析：试题答案指基于DNA或蛋白质序列，应用最大简约法构建系统发育树时，如果某个位点的状态存在两种或两种以上，每种状态出现两次或两次以上，这样的位点称简约信息位点。

134、问答题  什么叫contig？

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本题答案：Contig：重叠群，基因组测序中将许多序列片段经过比
本题解析：试题答案Contig：重叠群，基因组测序中将许多序列片段经过比对找到重叠区，从而连接成的长片段。

135、填空题  聚类分析方法，分为有（）

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本题答案：监督学习方法，无监督学习方法
本题解析：试题答案监督学习方法，无监督学习方法

136、问答题  简述人工神经网络预测蛋白质二级结构的基本步骤。

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本题答案：1）输入数据（来自PDB）
2）产生一个神经
本题解析：试题答案1）输入数据（来自PDB）
2）产生一个神经网络（一个计算程序）
3）用已知的蛋白质二级结构来训练这个模型
4）由训练好的模型来给出未知蛋白的一个可能的结构
5）最后从生物角度来检验预测的一系列氨基酸是否合理

137、名词解释  多序列比对（multiple sequence alignment）

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本题答案：三个或多个序列之间的比对，如果序列在同一列有相同结构位
本题解析：试题答案三个或多个序列之间的比对，如果序列在同一列有相同结构位置的残基和（或）祖传的残基，则会在该位置插入空位。

138、名词解释  互补序列（complementary sequence）

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本题答案：能够与其他DNA片段根据碱基互补序列（A与T配对，G与
本题解析：试题答案能够与其他DNA片段根据碱基互补序列（A与T配对，G与C配对）形成两练结构的核苷酸序列。

139、问答题  假设你得到一段未知基因的DNA序列，从你学习到的生物信息学分析方法和软件，设计一个分析流程来分析该未知基因的功能和家族类别（包括系统发育树构建）

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本题答案：1、得到未知基因的DNA序列，用Blast做序列比对，找出与
本题解析：试题答案1、得到未知基因的DNA序列，用Blast做序列比对，找出与其基因相似的核苷酸序列和蛋白质序列。
2、接着，用搜索出来的较相似的序列用ClustW进行多序列比对，得到该序列的保守情况和突变情况。
3、最后用距离法构建系统发育树。

140、单项选择题  蛋白质信号肽的预测工具有（）。

A.nnpredict
B.PredictProtein
C.SingalD
D.SingalP

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

141、问答题  如何选择合适的评分矩阵？

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本题答案：一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM
本题解析：试题答案一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好
当比较距离相近的蛋白时，应选择低的PAM或高的BLOSUM矩阵；当比较距离较远的蛋白时，应选择高的PAM或低的BLOSUM矩阵
对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵
PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域

142、问答题  给定一条序列，简述使用BLAST进行序列比对分析的策略

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本题答案：1）获得查询序列，以FASTA格式黏贴到BLAST文本
本题解析：试题答案1）获得查询序列，以FASTA格式黏贴到BLAST文本框中；
2）选择一个BLAST程序（blastp，blastn，blastx，tblastx，tblastn）；
3）选择一个用于搜索的数据库；
4）为搜索和输出格式选择可选的参数；
5）Search，结果分析。

143、名词解释  Entrez检索系统

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本题答案：是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据
本题解析：试题答案是NCBI开发的核心检索系统，集成了NCBI的各种数据库，具有链接的数据库多，使用方便，能够进行交叉索引等特点。

144、名词解释  除权配对算法（UPGMA）

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本题答案：最初，每个序列归为一类，然后找到距离最近的两类将其归为
本题解析：试题答案最初，每个序列归为一类，然后找到距离最近的两类将其归为一类，定义为一个节点，重复这个过程，直到所有的聚类被加入，最终产生树根。

145、单项选择题  生物芯片分析中使用的聚类分析输出图形主要以下列哪种方式表现？（）

A.以彩色小方块阵列表示
B.以蜂窝形状表示
C.以黑白圆点表示
D.以彩色线条表示

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

146、问答题  生物信息学的目标和任务？

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本题答案：收集和管理生物分子数据；数据分析和挖掘；开发分析工具和
本题解析：试题答案收集和管理生物分子数据；数据分析和挖掘；开发分析工具和实用软件：生物分子序列比较工具、基因识别工具、生物分子结构预测工具、基因表达数据分析工具。

147、单项选择题  LCR的含义是（）。

A.编码区
B.非编码区
C.低复杂度区域
D.开放阅读框

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

148、名词解释  直系同源

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本题答案：指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序
本题解析：试题答案指由于物种形成事件来自一个共同祖先的不同物种中的同源序列，具有相似或不同的功能。（书：在缺乏任何基因复制证据的情况下，具有共同祖先和相同功能的同源基因。）

149、名词解释  空位罚分

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本题答案：空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中
本题解析：试题答案空位罚分是为了补偿插入和缺失对序列相似性的影响，序列中的空位的引入不代表真正的进化事件，所以要对其进行罚分，空位罚分的多少直接影响对比的结果。

150、名词解释  外类群

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本题答案：是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的
本题解析：试题答案是进化树中处于一组被分析物种之外的，具有相近亲缘关系的物种。

151、名词解释  一致序列

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本题答案：这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺
本题解析：试题答案这些序列是指把多序列联配的信息压缩至单条序列，主要的缺点是除了在特定位置最常见的残基之外，它们不能表示任何概率信息。

152、单项选择题  OMIM是（）。

A.在线人类孟德尔遗传数据库
B.国家核酸数据库
C.人类基因组计划
D.水稻基因组计划

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

153、问答题  在MEGA2软件中，提供了哪些碱基替换距离模型，试列举其中3种，解释其含义。

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本题答案：碱基替换模型包括，No.ofdifferences、p
本题解析：试题答案碱基替换模型包括，No.ofdifferences、p-distance、Jukes-Cantordistance、Tajima-Neidistance、Kimur2-parameterdistance、Tamura3-parameterdistance、Tamura-Neidistance
p-distance：表示有差异的核苷酸位点在序列中所占比例，将有差异的核苷酸位点数除已经比对的总位点数就可以得到
Jukes-Cantor：模型假设ATCG的替换速率是一致的，然后给出两个序列核苷酸替换数的最大似然估计
Kimura2-parameter：模型考虑到了转换很颠换队多重击中的影响，但假设整个序列中4钟核苷酸的频率是相同哈德在不同位点上的碱基替换频率是相同的

154、名词解释  ncRNA

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本题答案：非编码RNA，是指没有编码蛋白质功能的所有RNA，它缺乏开放
本题解析：试题答案非编码RNA，是指没有编码蛋白质功能的所有RNA，它缺乏开放阅读框，常由编码蛋白质的基因反转录而来。

155、名词解释  linux operating system

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本题答案：linux操作系统，Linux是一类Unix计算机操作
本题解析：试题答案linux操作系统，Linux是一类Unix计算机操作系统的统称。Linux操作系统也是自由软件和开放源代码发展中最著名的例子。

156、问答题  预测蛋白质三级结构的三种方法

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本题答案：1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3
本题解析：试题答案1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3D模型；
2）折叠识别法：寻找与未知蛋白最合适的模板，进行序列与结构比对，最终建立结构模型；
3）从头预测法：根据序列本身从头预测蛋白质结构。

157、问答题  简述PAM矩阵与BLUSUM矩阵的关系

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本题答案：（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）P
本题解析：试题答案（1）两者都在打分系统中使用对数比值；
（2）PAM矩阵是基于近相关蛋白家族数据的，并且假设高度相关蛋白的取代概率可以外推到远相关蛋白的概率。BLOSUM矩阵是基于实际观测到的远相关蛋白比对。
（3）高值BLOSUM矩阵和低值PAM矩阵最适合于研究高度保守的蛋白；低值BLOSUM矩阵和高值PAM矩阵最适合检测远相关蛋白。
（4）一般来说，在局部相似性搜索上，BLOSUM矩阵较PAM要好。对于数据库搜索来说一般选择BLOSUM62矩阵。PAM矩阵可用于寻找蛋白质的进化起源，BLOSUM矩阵用于发现蛋白质的保守域。

158、单项选择题  GenBank中分类码PLN表示是（）。

A.哺乳类序列
B.细菌序列
C.噬菌体序列
D.植物、真菌和藻类序列

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

159、名词解释  FASTA序列格式

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本题答案：是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨
本题解析：试题答案是将DNA或者蛋白质序列表示为一个带有一些标记的核苷酸或者氨基酸字符串，大于号（>）表示一个新文件的开始，其他无特殊要求。

160、填空题  序列比对的基本思想，是找出（）和（）的相似性，就是通过在序列中插入（）的方法使所比较的序列长度达到一致。比对的数学模型大体分为两类，分别是（）和（）。

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本题答案：检测基因；目标序列；空位；整体比对；局部比对
本题解析：试题答案检测基因；目标序列；空位；整体比对；局部比对

161、名词解释  可接受点突变（PAM）

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本题答案：一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位。
本题解析：试题答案一个用于衡量蛋白质序列的进化突变程度的单位。

162、问答题  序列分析的任务和目的分别是什么？

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本题答案：任务
（1）发现序列之间的相似性；

本题解析：试题答案任务
（1）发现序列之间的相似性；
（2）辨别序列之间的差异。
目的：
（1）相似序列：相似的结构，相似的功能
（2）判别序列之间的同源性
（3）推测序列之间的进化关系

163、问答题  双序列比对方法有哪些？

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本题答案：①点阵序列比较(Dot Matrix Sequence
本题解析：试题答案①点阵序列比较(Dot Matrix Sequence Comparison)
②动态规划算法(Dynamic Programming Algorithm)
③词或K串方法(Word or K-tuple Methods)
④贝叶斯统计方法(Bayesian Statistical Methods)

164、填空题  多序列联配的常用软件：（）

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本题答案：Clustal
本题解析：试题答案Clustal

165、问答题  生物信息学在基因芯片中的应用有哪些？

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本题答案：（1）确定芯片检测目标。
（2）芯片设计。<
本题解析：试题答案（1）确定芯片检测目标。
（2）芯片设计。
（3）实验数据管理与分析。

166、问答题  序列的相似性与同源性有什么区别与联系？

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本题答案：相似性是指序列之间相关的一种量度，两序列的的相似性可以
本题解析：试题答案相似性是指序列之间相关的一种量度，两序列的的相似性可以基于序列的一致性的百分比；而同源性是指序列所代表的物种具有共同的祖先，强调进化上的亲缘关系。

167、名词解释  BLOSUM矩阵

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本题答案：模块替代矩阵。矩阵中的每个位点的分值来自蛋白比对的局部
本题解析：试题答案模块替代矩阵。矩阵中的每个位点的分值来自蛋白比对的局部块中的替代频率的观察。每个矩阵适合特定的进化距离。例如，在BLOSUM62矩阵中，比对的分值来自不超过62%一致率的一组序列。

168、单项选择题  RGP是（）。

A.在线人类孟德尔遗传数据
B.国家核酸数据库
C.人类基因组计划
D.水稻基因组计划

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本题答案：D
本题解析：暂无解析

169、单项选择题  mRNA3′端有（）结构。

A.帽子
B.尾巴
C.帽子和尾巴
D.多聚胞嘧啶

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

170、名词解释  邻接法（neighbor-joining method）

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本题答案：是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小
本题解析：试题答案是一种不仅仅计算两两比对距离，还对整个树的长度进行最小化，从而对树的拓扑结构进行限制，能够克服UPGMA算法要求进化速率保持恒定的缺陷。

171、问答题  MEGA2如何将其它多序列比对格式文件转化为MEGE格式的多序列比对文件？

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本题答案：（1）选择菜单file，
（2）选择Text
本题解析：试题答案（1）选择菜单file，
（2）选择Text File Editorand Format Coverter工具，
（3）调入需要转换的序列和相应的格式，
（4）获得转换后的MEGA格式的文件并保存。

172、单项选择题  Bioinformatics的含义是（）。

A.生物信息学
B.基因组学
C.蛋白质组学
D.表观遗传学

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

173、名词解释  表谱（PSSM）

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本题答案：指一张基于多序列比对的打分表，表示一个蛋白质家族，可以
本题解析：试题答案指一张基于多序列比对的打分表，表示一个蛋白质家族，可以用来搜索序列数据库。

174、名词解释  打分矩阵（scoring matrix）

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本题答案：在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理
本题解析：试题答案在相似性检索中对序列两两比对的质量评估方法。包括基于理论（如考虑核酸和氨基酸之间的类似性）和实际进化距离（如PAM）两类方法。

175、单项选择题  在真核生物中，一个基因cDNA的5′端起始密码子AUG的前后序列符合（）规则。

A.Kozak
B.AU…AG
C.SD
D.Poly（A）n

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本题答案：A
本题解析：暂无解析

176、单项选择题  根据研究发现，人类基因组中真正编码蛋白质的区域仅占DNA序列的（）。

A.1-2%
B.3-5%
C.5-10%
D.10-20%

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

177、问答题  生物信息学数据库的组成包括哪些部分？数据库有哪些类型？

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本题答案：生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据
本题解析：试题答案生物信息学数据库的组成包括一级数据库和二级数据库。数据库的类型包括核算和蛋白质一级结构序列数据库、基因组数据库、生物大分子三维空间结构数据库、以上述3类数据库和文献资料为基础构建的二次数据库。

178、名词解释  GenPept

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本题答案：是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列。
本题解析：试题答案是由GenBank中的DNA序列翻译得到的蛋白质序列。数据量很大，且随核酸序列数据库的更新而更新，但它们均是由核酸序列翻译得到的序列，未经试验证实，也没有详细的注释。

179、单项选择题  basepair的含义是（）。

A.基序
B.跨叠克隆群
C.碱基对
D.结构域

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

180、单项选择题  HTGS的含义是（）。

A.表达序列标签
B.序列标签位点
C.高通量基因组序列
D.人工合成序列

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

181、单项选择题  在真核生物的一个基因内含子两端，即外显子/内含子拼接边界处，其符合（）规则。

A.Kozak
B.AU…AG
C.SD
D.Poly（A）n

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本题答案：B
本题解析：暂无解析

182、问答题  预测蛋白质三级结构的三种方法

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本题答案：1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3
本题解析：试题答案1）同源建模法：依据蛋白质与已知结构蛋白比对信息构建3D模型；
2）折叠识别法：寻找与未知蛋白最合适的模板，进行序列与结构比对，最终建立结构模型；
3）从头预测法：根据序列本身从头预测蛋白质结构。

183、问答题  以下软件的主要用途是什么？

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本题答案：RepeatMasker, CpGPlot, Spli
本题解析：试题答案RepeatMasker, CpGPlot, Splice View, Genscan, ORF finder, neural network promoter prediction.
答：RepeatMasker：是对重复序列进行分析的软件
GpGPlot：用来查找一条DNA序列中CpG岛，使用Gardine-Garden和Frommer描述的方法
Splice View：是对一段序列进行剪接位点的分析即其中的受体和供体位点
Genscan：是一种从头分析工具
ORF finder：是用来分析序列ORF的工具
neural networkpromoter prediction：神经网络启动子预测是另外一种分析启动子的方法

184、填空题  初级序列数据库：（）

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本题答案：GenBank，EMBL和DDBJ
本题解析：试题答案GenBank，EMBL和DDBJ

185、名词解释  自举法来源:91考试网 91Exam.org检验（Bootstrap）

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本题答案：放回式抽样统计法。通过对数据集多次重复取样，构建多个进
本题解析：试题答案放回式抽样统计法。通过对数据集多次重复取样，构建多个进化树，用来检查给定树的分枝可信度。

186、单项选择题  TAIR（AtDB）数据库是（）。

A.线虫基因组
B.果蝇基因组
C.拟南芥数据库
D.大肠杆菌基因组

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

187、名词解释  无根树

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本题答案：只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部
本题解析：试题答案只表明节点间的关系，无进化发生方向的信息，通过引入外群或外部参考物种，可以在无根树中指派根节点。

188、名词解释  质谱（MS）

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本题答案：是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的
本题解析：试题答案是一种准确测定真空中离子的分子质量/电荷比（m/z）的方法，从而使分子质量的准确确定成为可能。
质谱分析的两个工具

189、问答题  为什么蛋白质空间结构预测很重要，目前有哪几条途径用于从蛋白质的氨基酸序列预测其空间三维结构？

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本题答案：蛋白质空间结构的预测很重要。研究蛋白质结构，有助于了解
本题解析：试题答案蛋白质空间结构的预测很重要。研究蛋白质结构，有助于了解蛋白质如何行使其生物功能，认识蛋白质与蛋白质（或其它分子）之间的相互作用，通过分析蛋白质的结构，确认功能单位或者结构域，可以为遗传操作提供目标，为设计新的蛋白质或改造已有蛋白质提供可靠的依据，同时为新的药物分子设计提供合理的靶分子结构。
目前有三条途径用于从蛋白质一级序列预测其空间三维结构：
A、同源建模法。是蛋白质三维结构预测的主要方法。对于一个未知结构的蛋白质，首先通过序列同源分析找到一个已知结构的同源蛋白质，然后，以该蛋白质的结构为模板，为未知结构的蛋白质建立结构模型。前提是必须要有一个已知结构的同源蛋白质。
B、穿针引线法。需建立核心折叠数据库，在预测蛋白质空间结构时将一个待预测结构的蛋白质序列与数据库中核心折叠进行比对，找出比对结果最好的核心折叠，作为构造待预测蛋白质结构模型的根据。
C、从头开始法。在既没有已知结构的同源蛋白质、也没有已知结构的远程同源蛋白质的情况下，直接根据序列本身来预测其结构。该方法先对蛋白质及溶剂作近似处理，再建立能量函数，通过对构象空间进行快速搜索找到与某一全局最小能量相对应的构象。

190、问答题  简述KEGG的PATHWAYS数据库中包括的哪6种数据库？

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本题答案：GENES/SSDB/KOdatabases/COMP
本题解析：试题答案GENES/SSDB/KOdatabases/COMPOUND/GLYCAN/REACTION

191、名词解释  系统发育图

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本题答案：用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概
本题解析：试题答案用枝长表示进化时间的系统树称为系统发育图，是引入时间概念的支序图。

192、问答题  TrEMBL哪两个部分？

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本题答案：（1）SP-TrEMBL（SWISS-PROTTrEM
本题解析：试题答案（1）SP-TrEMBL（SWISS-PROTTrEMBL）
包含最终将要集成到SWISS-PROT的数据，所有的SP-TrEMBL序列都已被赋予SWISS-PROT的登录号。
（2）REM-TrEMBL（REMainingTrEMBL）
包括所有不准备放入SWISS-PROT的数据，因此这部分数据都没有登录号。

193、填空题  提供蛋白质功能注释信息的数据库：（）（京都基因和基因组百科全书）和（）（蛋白质信息资源）

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本题答案：KEGG；PIR
本题解析：试题答案KEGG；PIR

194、名词解释  有根树

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本题答案：能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。
本题解析：试题答案能够确定所有分析物种的共同祖先的进化树。

195、名词解释  旁系（并系）同源

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本题答案：指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因
本题解析：试题答案指同一个物种中具有共同祖先，通过基因重复产生的一组基因，这些基因在功能上可能发生了改变。（书：由于基因重复事件产生的相似序列。）

196、多项选择题  下面序列哪些为反向重复序列（）

A.…GCACTTG…GCACTTG…
B.…GCACTTGCAAGTGC…；…CGTGAAC…CGTGAAC…；…CGTGAACGTTCACG…
C.…GCACTTG…CAAGTGC…
D.…GCACTAGCTAGCGG…；…CGTGAAC…GTTCACG…；…CGTGATCGATCGCC…

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本题答案：B, D
本题解析：暂无解析

197、单项选择题  Entrez使用几种逻辑运算符对检索关键词做最基本的限制？（）

A.1种
B.2种
C.3种
D.4种

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本题答案：C
本题解析：暂无解析

198、多项选择题  下列哪些分子类型属于非蛋白质编码区（）

A.内含子
B.卫星DNA
C.伪基因
D.启动子
E.增强子

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本题答案：A, B, C, D, E
本题解析：暂无解析

199、名词解释  标度树

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本题答案：分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。
本题解析：试题答案分支长度与相邻节点对的差异程度成正比的树。

200、问答题  什么是多序列全局比对的累进算法？（三个步骤）

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本题答案：第一，所有的序列之间逐一比对（双重比对）；

本题解析：试题答案第一，所有的序列之间逐一比对（双重比对）；
第二，生成一个系统树图，将序列按相似性大致分组；
第三，使用系统树图作为引导，产生出最终的多序列比对结果。