多数起源于肛管直肠壁内的感染，如肛隐窝炎，粪便内尖锐异物可损伤肠壁而引起感染，由于间隙内为脂肪疏松组织，一旦感染极易扩散，甚至可延及两侧。少数肛管直肠周围脓肿可继发于外伤，炎性病变或药物注射；肛周皮肤内的毛囊，皮脂腺感染，也可形成脓肿，最后也可形成肛瘘。

　　发病过程可分为三个阶段：①肛隐窝炎阶段，感染发生后渗出液积存于隐窝内，加之肛门括约肌因炎症刺激收缩，以致引流不畅，使感染加重。②肛管直肠周围炎阶段，经隐窝深处的肛腺或经淋巴而侵入周围蜂窝组织内，形成肛管直肠周围炎。③脓肿阶段，如炎症继续发展，形成脓肿，在肛门周围皮下的为肛旁皮下脓肿；在肛提肌以下肛旁间隙的，为坐骨直肠窝脓肿；肛提肌以上直肠两侧，盆腔腹膜以下的为骨盆直肠脓肿，在骶骨前直肠后两侧韧带之间的为直肠后窝脓肿。